黄热病疫苗的副作用与其他疫苗相似。大多数有副作用的人只会感到轻微的不适：注射部位可能会疼痛、瘀伤和肿胀；也可能有轻微发热，伴有疼痛和寒战。少数确实有严重症状的人可能会出现呼吸困难、行为改变、癫痫发作、高烧、心跳不规则、荨麻疹和其他需要立即治疗的症状。黄热病注射的副作用通常在注射后的第一个小时内发生，但也可能在注射后的30天内发生
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医生更仔细地观察从未注射过黄热病的人的副作用。如果没有疫苗接种史，就不可能知道一个人会有什么反应。那些接受过注射且没有任何副作用的患者极不可能出现反复注射的副作用。

许多人在注射黄热病疫苗后只经历轻微的影响，例如注射部位的疼痛或僵硬。轻度疼痛的患者可能会在注射部位出现红肿、瘀伤，甚至肿胀。也可能发生轻度和短暂的发烧。对于这些症状，通常不需要医疗；症状应该随着时间的推移而消失。如果愿意，他们可以服用非处方药来帮助缓解发烧和疼痛。

出现严重症状的人应立即就医。黄热病注射剂的严重副作用通常是由过敏反应引起的，可能是致命的。通常，那些遭受这种反应的人对鸡、蛋或明胶过敏，而这些都是疫苗中常见的成分。

那些有这种过敏症的人被鼓励避免去非洲和南美洲的部分地区旅行，那里黄热病病毒很常见。如果对鸡蛋或鸡肉过敏的人必须前往这些地区，如果认为感染黄热病病毒比注射过敏反应更具生命威胁，医生仍可能建议接种黄热病疫苗。医生可以提供小剂量的疫苗接种，希望诱发不太严重的过敏反应

某些人群比其他人群更容易遭受黄热病注射的严重副作用。如前所述，那些对家禽过敏的人处于危险之中。孕妇也被建议不要接种疫苗，因为它可能会伤害未出生的孩子。那些免疫系统较弱的人以及由于严重疾病而经历器官衰竭的人也可能被建议不要注射。九个月以下的儿童，尤其是六个月以下的儿童，被认为特别容易受到负面影响。。