目前,关于世界上存在或曾经存在多少种可可豆(Theobroma spp)存在一些争论。已鉴定(和辩论)的公认品种包括可可豆ssp。可可(称为克里奥洛,遍布中美洲);可可树球果属T.Caco spp.sphaerocarpum(称为Forastero,发现于亚马逊盆地北部);还有一个叫特立尼达里奥的混合体。最近的基因研究表明,所有形式的可可都只是福拉斯特罗的翻版。如果属实,可可起源于哥伦比亚和厄瓜多尔的亚马逊上游地区,并通过人为干预被带到中美洲。亚马逊河北部的人种学研究表明,那里的可可使用仅限于从水果中生产可可豆(啤酒),而不是加工豆类。
已知最早的可可豆使用证据位于亚马逊河流域之外,时间大约在公元前1900-1500年。研究人员使用质谱法调查了几个碗内部的残留物,这些残留物可以追溯到中美洲最早的社会,并在墨西哥恰帕斯南部的莫卡亚遗址帕索·德·拉·阿马达(Paso de la Amada)的一个tecomate内发现了可可碱的证据。他们还在韦拉克鲁斯的El-Manati-Olmec遗址发现了一个对可可碱呈阳性反应的碗,该遗址的年代约为公元前1650-1500年。
其他有巧克力使用早期证据的考古遗址包括洪都拉斯的埃斯孔迪多港(约公元前1150年)和伯利兹的科哈(公元前1000-400年)。
显然,种植和照料可可树的创新是中美洲的发明。直到最近,学者们还认为,由于玛雅单词kakaw起源于奥尔梅克语,奥尔梅克语一定是这种美味液体的前身。然而,最近在洪都拉斯埃斯孔迪多港进行的考古研究表明,最初驯化可可的步骤发生在奥尔梅克文明兴起之前,当时洪都拉斯与索科诺斯科地区的贸易十分活跃。
有证据表明早期巧克力驯化的考古遗址包括帕索·德拉阿马达(墨西哥)、埃尔·马纳蒂(墨西哥)、埃斯孔迪多港(洪都拉斯)、巴特亚洞(伯利兹)、许南图尼奇(危地马拉)、里奥阿苏尔(危地马拉)、科哈(伯利兹)。
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