主要区别
基因组学和蛋白质组学的主要区别在于，基因组学是对存在于细胞基因组中的基因的全部研究，而蛋白质组学是对通常由细胞产生的蛋白质的全部研究。
基因组学(genomics) vs. 蛋白质组学(proteomics)
基因组学包括基因组分析、测序和作图，而蛋白质组学则包含蛋白质的功能和三维结构，以及各种蛋白质-蛋白质关系。基因组学分为功能基因组学和结构基因组学两大类，而蛋白质组学又分为功能蛋白质组学、结构蛋白质组学和表达蛋白质组学三大类。
基因组学的重要领域是基因组测序项目，其中包括人类基因组计划；另一方面，蛋白质组学的几个重要领域是蛋白质组数据库开发，即计算机辅助药物设计软件开发和SWISS-2DPAGE。基因组学是研究生物体内的整个基因；相反，蛋白质组学通常是研究各种细胞中的整个蛋白质。
在基因组学中，基因组通常是恒定的，所有细胞在所有生物体中都有相同的一组基因；相反，在蛋白质组学中，蛋白质组通常是变化的和动态的，所有的蛋白质组在生物体的不同组织中形成，赋予基因表达。在基因组学中，基因的研究在理解生物体内基因的功能、位置、结构和调控方面起着重要作用；另一方面，在蛋白质组学中，蛋白质的研究有助于了解细胞中蛋白质的结构和功能。
比较图
什么是基因组学(genomics)？
基因组学一词的定义是对所有生物体内细胞的整个基因组中的基因进行的整体研究。存在于生物体细胞中的基因组包含了一整套主要由DNA构成的遗传物质。高水平的技术被用来分析基因组、测序和绘制基因组图。
基因组学中使用了多种基因测序策略，包括测序、构建表达序列标签（ESTs）、全基因组鸟枪式测序、定向基因、单核苷酸多态性（SNPs）鉴定以及使用不同的软件和数据库对测序数据进行分析或解释。基因组学分为功能基因组学和结构基因组学两大类。
类型
- 功能基因组学：在功能基因组学下研究细胞中基因在调节代谢活动中的重要作用和各种功能。
- 结构基因组学：在结构基因组学下研究基因的相对位置和结构。
什么是蛋白质组学(proteomics)？
蛋白质组学的定义是对蛋白质的全部研究，蛋白质通常是由所有生物体内的细胞产生的。蛋白质组通常是由所有生物体的各种细胞产生的一整套蛋白质。蛋白质组学包含蛋白质的功能和三维结构，以及各种蛋白质-蛋白质关系。
蛋白质组学过程涉及多种技术，如利用胰蛋白酶将蛋白质消化成最小尺寸的片段、蛋白质的提取和电泳分离、利用蛋白质数据库中的信息鉴定蛋白质、用质谱法测定氨基酸序列。蛋白质组学分为功能蛋白质组学、结构蛋白质组学和表达蛋白质组学三大类。
主要区别
- 基因组学是研究生物体的总基因补体；相反，蛋白质组学通常是研究存在于各种细胞中的总蛋白质。
- 基因组学包括基因组分析、测序和作图；另一方面，蛋白质组学包括细胞中蛋白质的结构和功能。
- 基因组学分为功能基因组学和结构基因组学两大类，而蛋白质组学又分为功能蛋白质组学、结构蛋白质组学和表达蛋白质组学三大类。
- 基因组学的重要领域是基因组测序项目，它包括人类基因组计划；另一方面，蛋白质组学的重要组成部分是蛋白质组数据库的开发，包括计算机辅助药物设计的软件开发。
- 在基因组学中，基因补体总是保持不变；相反，在蛋白质组学中，蛋白质补体总是变化的，所有的蛋白质组的形成都与基因的表达有关。
- 在基因组学中，基因的研究对于决定个体中基因的功能和调控起着重要的作用；另一方面，在蛋白质组学中，蛋白质的研究对决定细胞内所有蛋白质的结构和功能起着重要作用。
结论
上面的讨论得出结论，在基因组学中，基因组通常是相同的，所有细胞在所有生物体中都有相同的一组基因，而基因组学通常是对存在于细胞基因组中的基因的全部研究。而蛋白质组学是对一般由细胞产生的蛋白质的研究，蛋白质组通常是波动和动态的，所有的蛋白质组在生物体的各种组织中形成，与基因表达有关。
