益生菌和酶在胃肠道中协同工作。两者都能分解食物，从而有助于更好地消化。然而，酶的作用更进一步。它们滋养益生菌，使它们能够存活和繁殖。这是因为益生菌会吃掉酶化学消化食物时产生的副产品，将其分解为益生菌可以轻松吸收的简单营养素。

由酶产生的支持益生菌的食物包括脂肪酸、简单碳水化合物和氨基酸。益生菌和酶之间的食物交换还包括酶产生的各种矿物质和维生素。有九种不同类型的酶可以产生这些营养副产品。它们在胃肠道的特殊区域工作，如大肠、小肠和胰腺。

蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶被认为是三种主要的消化酶。脂肪酶消化被称为脂类的脂肪，并产生脂肪酸作为消化的副产品。淀粉酶的作用是针对淀粉和碳水化合物，将它们分解成单糖，这些单糖足够基本，益生菌可以轻易食用。蛋白酶，尤其是被称为胃蛋白酶的蛋白酶，消化蛋白质以产生氨基酸。

次级消化酶包括蔗糖酶、麦芽糖酶和乳糖酶。乳糖酶消化乳糖。麦芽酶通过化学方法将麦芽糖（麦芽糖）还原为葡萄糖。蔗糖酶消化蔗糖，形成果糖或葡萄糖。剩余的碳水化合物酶、果胶酶和半纤维素酶被认为对益生菌不重要，尽管它们确实有助于人体消化。

化学消化过程中产生的氨基酸和淀粉不仅对益生菌和酶有用。人类也可以通过器官衬里吸收这种营养。蛋白酶主要服务于小肠中的益生菌乳酸菌，氨基酸可以通过小肠膜进入血液。同时，淀粉酶与胰腺和唾液腺中的益生菌结合，淀粉酶释放的单糖可以通过口腔或胰腺膜吸收。。

虽然益生菌和酶都能通过消化将食物转化为能量，但这并不是益生菌的主要益处。益生菌通过清除毒素和恶意细菌来保护免疫系统并提高其效力。作为一种排毒剂，益生菌因能抵御从过敏到结肠癌等疾病而备受赞誉。这些有益微生物可以帮助身体战胜沙门氏菌和大肠杆菌等有害细菌。他们从酶中获得的食物越多，益生菌就能繁殖并提供更多的健康保护。。

随着人们衰老或患病，体内益生菌的数量可能会急剧下降。含有益生菌和酶的补充剂可以增强身体有益的微生物群落。那些使用补充剂或活食品来增加体内益生菌和酶水平的人通常必须保持一致，因为益生菌和酶都会被身体定期消耗，必须得到补充。

一些补充益生菌和酶的批评者认为，酶，尤其是蛋白酶，会破坏一些基于蛋白质的益生菌。然而，许多研究反驳了这一说法。为了确保没有有害的相互作用，许多营养学家建议饭前服用酶，饭后服用益生菌。