许多节食者已经报道了阿特金斯饮食和便秘之间的联系，尤其是在饮食诱导阶段。这一阶段持续约两周，其特点是碳水化合物摄入量极低。饮食习惯的任何改变都可能导致便秘等问题，但随着身体习惯这些变化，并且在诱导期后允许摄入更多食物，便秘的问题并不那么普遍。在阿特金斯饮食中有一些策略可以遵循，便秘应该在几天或几周后自行解决。。

便秘是许多低碳水化合物饮食的常见副作用。对阿特金斯饮食的批评之一是，在诱导阶段，节食者摄入的纤维不到每日最低摄入量的7%。关注高水平的蛋白质也可能加剧阿特金斯饮食和便秘之间的联系，因为大量摄入肉类和奶酪可能导致肠道不规则。

身体必须有纤维才能排出废物。水果、蔬菜和全麦产品，如面包和谷物，是一般健康饮食中常见的纤维来源。建议每天摄入21克的纤维在像阿特金斯饮食这样的低碳水化合物饮食中是相当困难的，结果往往是便秘。在某些情况下，问题可能变得严重到需要医疗救助。

为了避免饮食中出现便秘，有必要喝八杯水，因为缺水是便秘的主要原因。如果这没有任何效果，那么食用亚麻籽或麦麸等补充纤维可能会有所帮助。沙拉和蔬菜，尤其是绿叶蔬菜，如菠菜、卷心菜和西兰花，在日常饮食中是完全可以接受的，数量不限，因此确保这些是大多数膳食的一部分将增加纤维摄入。在阿特金斯饮食中增加体育锻炼也有助于治疗便秘。建议补充纤维，尤其是在阿特金斯饮食1期或诱导期，以抵消摄入更多低纤维蛋白质的影响。。

阿特金斯饮食的其他副作用包括疲劳、头晕、头痛和虚弱，这些主要是由于饮食早期碳水化合物的急剧减少。阿特金斯饮食随着时间的推移发生了变化，为了解决人们对副作用的担忧和报道，它的方法有所放松。在开始这种饮食或任何其他饮食之前，建议咨询医生，尤其是在存在健康问题的情况下。