美国卫生官员或许可以利用一种侥幸的COVID-19检测来监测一种传染性更强的病毒的传播,这是本周在美国首次发现的。这种变异正在英国广泛传播,目前已在十几个国家发现,其中包括美国。
专家们不认为冠状病毒变种比其他形式的病毒更致命,而且已经研制的疫苗应该仍然可以抵御新的病毒株。但这种变异似乎更容易传播,不受控制的疫情将更快地淹没医院。
到目前为止,在美国发现了两例COVID-19患者,一例在科罗拉多州,一例在加利福尼亚州。科罗拉多州卫生官员说,这名科罗拉多州患者没有出国旅行,这表明该变种可能在现在之前就已经传播,而且它可能已经在该国站稳了脚跟。与英国不同的是,美国很少对来自COVID-19患者的病毒样本进行分析,以检查其突变和变异,这就是为什么到目前为止可能还没有被发现的原因。
在缺乏广泛的病毒分析的情况下,官员们也许能够通过标准的COVID-19检测来追踪这种被称为B.1.1.7的变种。伦敦弗朗西斯·克里克研究所的遗传学家西奥·桑德森(Theo Sanderson)说:“这是一件偶然的事情,而不是我们打算发生的事情。”。
最典型的,基于基因的COVID-19测试是通过在从病人身上采集的唾液和粘液拭子中寻找冠状病毒遗传物质的证据来进行的。这种病毒有很长的基因组,测试并没有寻找整个过程的证据。相反,他们通常搜索两个或三个部分。
在一些COVID-19测试中,其中一个片段位于冠状病毒S基因上,该基因编码病毒的刺突蛋白,使病毒与细胞结合。这也是新变种中一个突变发生的基因。如果一个病人感染了一种带有这种特定突变的病毒,这种基于这种基因的非突变形式设计的测试将无法看到变异版本。由于测试仍然能够看到病毒的其他部分,它仍然会返回阳性-只是没有S基因。研究人员称之为S基因缺失。
在英国,专家们已经能够利用S基因缺失作为衡量在英国不同地区传播的冠状病毒变种数量的非官方手段。“这是非常有用的,”桑德森说。
这并不是一个完美的指标:s基因的突变也出现在其他不具有B.1.1.7特征的变体中。并不是每一个在测试中标记的S基因缺失都是B.1.1.7病毒,但是英国的研究人员已经设法解开了这些数据,并计算出有多少S基因从新变种中缺失。随着B.1.1.7变异体感染率的增加,S基因的丢失率也越来越接近于B.1.1.7变异体。
美国的一些实验室开始采用这一策略。科罗拉多州和加利福尼亚州的变异病例都是在实验室标记有S基因缺失的COVID-19检测结果进行全面分析后发现的。
总部位于加州的基因公司Helix进行COVID-19检测,也在分析他们的样本,寻找S基因缺失的证据。今年10月,Helix研究小组发现0.25%的测试有S基因缺失,12月初这一比例上升到0.5%左右。(在英国的一些地区,超过75%的测试显示了这种模式。)
根据这些数据,这种变异在美国可能仍然很少见。桑德森说:“你可以在某种程度上给B.1.1.7的数量设定一个上限,因为如果你没有看到退出的人,那么你就知道B.1.1.7不存在了。”。
Helix的联合创始人兼总裁jameslu说,Helix正计划对其病毒样本进行分析,以检测B.1.1.7变种。“我们仍在确定S基因缺失样本和B.1.1.7变异样本之间的相关性百分比。我们希望从排序中了解代理的强大程度,”他在发给《边缘》的一封电子邮件中写道。
如果证明两者之间有很强的关系,Helix将定期跟踪S基因的退出率,Lu说。
桑德森说,要注意的关键是某一特定区域S基因缺失量的急剧增加;这是英国新变异正在广泛传播的迹象。他说:“若你们在美国某些特定地区看到这种情况,那个将非常令人担忧。”。
理想的情况是,美国将扩大病毒分析规模,以便更密切地跟踪B.1.1.7变种的传播,并标记出现的任**变种。桑德森说:“基因组监测总是会更好。”。但他说,如果没有,监测S基因的缺失可能是一个良好的开端。“有更多的数据总是有用的。”
美国东部时间12月30日下午5:01更新:加州案件信息更新。
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