如何确定dna序列的gc含量(determine the gc‐content of a dna sequence)

DNA序列的鸟嘌呤胞嘧啶含量或GC含量表示鸟嘌呤与胞嘧啶结合的核苷酸碱基对的百分比。GC含量较高的DNA更难分解。...

方法1方法1/2：手动

1追踪序列，统计胞嘧啶（C）或鸟嘌呤（G）核苷酸的数量。

2根据序列中碱基对的总数划分胞嘧啶和鸟嘌呤核苷酸的数量。

方法2方法2/2：以编程方式（python 2）

1创建或接受输入文件。本文假设输入为FASTA格式，每个文件只有一个序列。

2读取文件。对于FASTA格式：放弃文件的第一行。删除所有剩余的换行符和其他尾随空格。def init（序列）：以open（argv[1]）作为输入：序列=“”。join（[line.strip（），用于input.readlines（）[1:]）返回序列

3创建计数器。在遇到任何鸟嘌呤或胞嘧啶核苷酸时，遍历数据并递增计数器。

def公司 gccontent公司(序列):
    gccount公司 = 0
    对于 信 在里面 序列:
        如果 信 == “g” 或 信 == “c”:
            gccount公司 += 1.
    回来 gccount公司

5将GC计数除以序列的总长度，并以百分比格式输出结果。

def公司 主要的():
    剧本, 输入 = argv
    序列 = ""
    序列 = 初始化(序列)
    打印 "%.2f层" % (浮动(gccontent公司(序列)) / 伦恩(序列))

如果您手动计算GC含量，请务必仔细检查！很容易计算错误，尤其是当你在纸上分析一个很长的序列时。

发表于 2022-06-03 04:09
阅读 ( 15 )
分类：综合

你可能感兴趣的文章

基因分型(genotyping)和排序(sequencing)的区别

...ze:14px;font-size:1.4rem;font-weight:600;margin:0;text-align:center}.entry-content p{margin-top:0;line-height:1.8}tr:nth-child(odd){background:#f5f2eb;text-align:center;color:white}h1,h2,h3,h4,h5,h6{font-family:'Open Sans',sans-serif;font-weight:700;line-height:1;margin:0 0 16px}h2{font-size:20px !i...

发布于 2020-10-07 06:58
阅读 ( 263 )