方法1 方法2の1：子孫のサイズが小さい場合

1. 1 2つの遺伝子間にある遺伝的距離があるとします（0〜50cMの間。）遺伝的距離（r）を0.1に設定するとします。

2. 2 13個の個体があり、そのうち2個が組換えであるとする。組換えでない確率は、1 - r = 1 - 0.1 = 0.9となる。

3. 3 遺伝子型ごとに記録したいので、2で割ると、(1-r)/2 = 0.45 となる。組換えの確率は r/2 = 0.1/2 = 0.05 である。2つの遺伝子が連結している場合、データの確率は ((r/2)^R)*((1-r)/2)^NR) で、R = 組換えの数、NR = 非組換えの数 である。したがって、2つの遺伝子がリンクしている場合のデータの確率は((0.05)^2)*((.45)^11) 2つの遺伝子がリンクしていない場合のデータの確率は(0.25)^(R+NR) = (0.25)^13 ここで、オッズ比の対数値＝（2つの遺伝子がリンクしたデータの確率）/（2つの遺伝子がリンクしないデータの確率）である。したがって、log of odds = ((.05)^2)*((0.45)^11))/((0.25)^13)) = 25.7 LOD score は log10(25.7) = 1.41 となる。

4. 4 rを0、0.01、0.03、0.05、0.3、0.5に設定してこの作業を繰り返し、得られたLODスコアの最高値が正解となる。想定した遺伝的距離は、対象となる2つの遺伝子間の実際の距離に近いかもしれません。

方法2 方法2：子孫のサイズが大きい場合

1. 1 興味のある2つの遺伝子モチーフの血統を作成する。収集するデータは多いほどよい。

2. 2 組換え体、非組換え体の数を決定する。例えば、遺伝子座1の対立遺伝子A1とB1が片方の親から、遺伝子座2の対立遺伝子A2とB2がもう片方の親から出たと仮定する。A1B1またはA2B2を受け継ぐ子孫は非組換え体であり、A1B2またはA2B1を受け継ぐ子孫は組換え体である。

3. 3 2つのモチーフがリンクしていると仮定して、結果が得られる確率を計算する。これは、((R/(R+NR))^R)*((1 - (R/(R+NR))^NR) で与えられ、R = 組換え体数、NR = 非組換え体数である。例えば、MNS血液型システムでは、MはSに、Nはsにもリンクしています。100人のランダムな個体のうち、25人がMSハプロタイプ、30人がMsハプロタイプ、6人がNSハプロタイプ、39人がNsハプロタイプを持っているとする。MとSは連なり、Nとsは連なるので、MSとNsは非組換え体、MsとNSは組換え体である。したがって、組換え体数＝R＝30＋6＝36、非組換え体数＝NR＝25＋39＝64となり、組換え体頻度はR／（R＋NR）＝36／（36＋64）＝0． したがって、2つのモチーフがつながっているとすると、結果が得られる確率は（（0．36）＾36）＊（1 - （0．36）＾64）＝となる。4.19187538*10^-29.

4. 4 2つの遺伝子座が連鎖していないと仮定して、結果が得られる確率を計算する。これは、0.5^(NR+R)で与えられます。上記の例では、0.5^(64+36) = 0.5^100 = 7.88860905 x 10^-31となります。

5. 5 2つのモチーフがリンクしていると仮定した場合の結果の確率（上記ステップ3より）を、2つのモチーフがリンクしていないと仮定した場合の結果の確率（上記ステップ4より）で除算する。この例では、4.19187538×10^-29/7.88860905×10^-31 = 53.14 に相当します。

6. 6 上記（手順 5）で得られた比率の底10の対数をとります。この例では、log 53.14 = 1.73 に相当します。

• LODスコアの解釈については、LODスコアが3.0より大きいと連鎖の証拠とみなされます。LODスコアが+3であれば、観察された連鎖が1000対1の確率で偶然に発生しなかったことを示します。一方、LODスコアが-2.0未満であれば、連鎖を除外する証拠とみなされます。上記の例では、LODスコアが+1.73の場合、リンクは存在するが、確認されていないことを示します。連鎖解析が存在する場合、より多くのデータポイントがLODスコアを増加させる。