主な違い - pcrプライマーとシーケンシングプライマー

分子生物学分野の最新の発展に伴い、対象のさまざまな経路を簡単かつ正確に研究するためのさまざまな遺伝子技術が開発された。重要な2つの技術は、PCRとその他の配列決定手順である。サブコンポーネントを使い分けているのです。プライマーは、特定のDNA配列を増幅するためのPCR用プライマーと、DN**セグメントの塩基配列の順序を明らかにするためのシーケンス用プライマーに大別され、PCRとシーケンスに共通する主要な構成要素であると考えられている。これがPCR用プライマーとシーケンス用プライマーの大きな違いである。

カタログ

1. 概要と主な違い 2. PCRプライマーとは 3. シーケンスプライマーとは 4. PCRプライマーとシーケンシングプライマーの類似点 5. 並べて比較 - PCRプライマー vs. シーケンスプライマーのリスト形式 6. まとめ

プライマー（pcr primers）は何ですか？

ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）は、分子生物学分野で応用されている遺伝子技術で、特定のDN**セグメントの1つまたは複数のコピーを増幅し、数百万の同一コピーを得ることを目的としています。PCR反応では、プライマーをはじめとするさまざまな成分が使用される。開始領域のDN**セグメントと一致するように25塩基の断片が増幅される。プライマーは、フォワードプライマー、リバースプライマーのどちらでも構いません。これらのプライマーはDN**セグメントの特定の位置に結合し、DNAポリメラーゼはその位置で特定のプライマーに結合し、新しいDNA鎖の合成を開始することができる。

プライマーの選定は、PCRを行う上で重要なポイントである。プライマーの長さの選択は重要である。理想的な長さは18-25ヌクレオチドです。長さが短すぎたり長すぎたりすると、プライマーがDNA配列に結合せず、正確な増幅を得ることができない。プライマーの長さが短すぎると、非特異的**なプライマーがDNA配列の異なる位置にアニールすることになる。

図01：PCRプライマー

良いプライマーは、グアニンとシトシン（GC）の含有量が40〜60の間であることが望ましい。プライマーのアニーリング温度と溶融温度は、PCRプロセスにおいて重要な要素である。融解温度は正確に計算し、プライマーのアニール温度は融解温度より5℃低くすることが必要です。融解温度は60℃～75℃が適当です。温度が高すぎても低すぎてもDNAポリメラーゼの活性が低下します。

プライマーシーケンス（配列決定用プライマー）は何ですか？

シーケンシングプライマーは、DN**セグメントの配列を決定し、その特異的な性質を明らかにすることを目的として使用されます。良好なシーケンス結果を得るためには、高品質なプライマーとテンプレートが重要である。したがって、プライマーを選択する際には、配列が欲しい特定の領域に特化したものである必要がある。また、配列は通常プライマーの3'末端から5'末端に向かって生成されるため、正しい向きを持つ必要があります。ヘアピンループの形成など、好ましくない自己ハイブリダイゼーションがない配列であること。連続して形成されるグアニン塩基を含んではならない。

プライマーの融解温度（Tm）は、シークエンス条件に適合している必要があります。したがって、52℃から74℃の間であることが望ましい。プライマーとしてのオリゴヌクレオチドの調製は、目的の全長配列を得るために精製する必要があります。オリゴヌクレオチドに不純物が含まれていると、異なる開始点からのプライマー配列のシグナルが重なり合い、また基底細胞の数が減少してしまうのです。

図02：プライマーシークエンス

Tmは、DNA配列と塩濃度などの多くの条件に依存する熱力学的計算と考えることができます。Tmは、ジデオキシヌクレオチド末端の断片のセットを生成するためにサイクルシーケンスと呼ばれる変種を使用するPCRプロセスで重要である。ここで、シークエンス用のプライマーは、まず交互にアニーリングし、次に伸長し、最後に変性させて増幅させる。従って、Tm値は52oCから74oCの間であることが望ましい。合成オリゴヌクレオチドは、必要に応じてDNA/RNA合成研究室から入手することができます。DNAシーケンシングのための小規模合成は、通常50 nmolです。 ここでも、シーケンシングに使用するプライマーは、不純物の影響を受けないように精製することが最も重要です。

プライマー（pcr primers）とプライマー配列決定用プライマーの共通点

• PCRプライマーとシークエンスプライマーは、いずれも標的DNA配列の増幅過程で使用されるプライマーである。
• PCRプライマーもシークエンスプライマーもヌクレオチドで構成されている。
• PCRプライマーやシークエンスプライマーは短いオリゴマーです。

プライマー（pcr primers）とプライマー配列決定用プライマーの違い

概要 - プライマー（pcr primers） vs. シーケンシングプライマー

配列決定用プライマーは、DN**セグメントの配列を決定し、その特異な性質を明らかにすることを目的として使用される。スタータープログラムで十分です。良好なシーケンス結果を得るためには、高品質なプライマーとテンプレートが重要です。PCRプライマーは、増幅したいDN**セグメントの開始領域と終了領域に適合する、ヌクレオチド長18〜25の短いDNA鎖である。 PCRプライマーにはフォワードプライマーとリバースプライマーがあり、フォワードプライマーは、増幅したいDN**セグメントの開始領域と終了領域に適合するヌクレオチド長18〜25の短いDNA鎖である。良いプライマーは、グアニンとシトシン（GC）の含有量が40〜60の間であることが望ましい。プライマーのアニーリング温度と溶融温度は、PCRプロセスにおいて重要な要素である。これがPCR用プライマーとシーケンシング用プライマーの違いである。

引用

ポリメラーゼ連鎖反応。こちらから入手可能です 2. "配列決定用プライマーとプライマー設計".シーケンシングプライマーとプライマーデザイン|University Core DNA Services|University of Calgary.こちらから入手可能です 2. "配列決定用プライマーとプライマー設計".塩基配列決定用プライマーとプライマー設計|University Core DNA Services|University of Calgary