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FISHとCGHの大きな違いは、FISHが蛍光標識したプローブを用いて染色体上の特定のDNA配列を検出する分子生物学的手法であるのに対し、CGHはゲノムDNAの変化を検出する別の分子細胞遺伝学的手法である点です。
細胞遺伝学的解析は、異数性、欠失、重複、再配列などの染色体異常の検出において重要な役割を果たします。染色体異常は、最終的にがん、不妊症、ダウン症、クラインフェルター症候群、ターナー症候群、白血病などの遺伝性疾患につながるが、これらの異常や疾患を発見するために、さまざまな分子細胞遺伝学的手法がある。この強力なハイブリダイゼーション技術には、FISH(蛍光in situハイブリダイゼーション)とCGH(comparative genomic hybridisation)の2つがあります。しかし、どちらの方式にも一長一短があります。
1. 概要と主な違い 2. FISHとは 3. CGHとは 4. FISHとCGHの共通点 5. 横並び比較-FISHとCGHの表形式 6. まとめ
FISHは、組織や細胞全体の中の一部や部分に対して行われる核酸ハイブリダイゼーション技術である。検出型の手法である。この技術は、ワトソン・クリックの相補的塩基対理論に基づき、DNA-DNAハイブリダイゼーションまたはDNA-RNAハイブリダイゼーションを生じさせ、変異遺伝子の検出や目的の遺伝子の同定を可能にするものである。また、本技術では、目的の遺伝子配列を補完するプローブとして、一本鎖DNA配列、二本鎖DNA配列、一本鎖RNA配列、ギャップ変換により調製された合成オリゴヌクレオチドを使用します。さらに、この技術の最大の特徴は、プローブを蛍光色素で標識することである。その結果、プローブは染色体の相補的な部分に結合し、検出が容易になる。
また、FISHは高感度かつ特異的な方法である。そのため、血液悪性腫瘍や固形腫瘍の研究・診断によく用いられる手法である。しかし、FISHの解像度は非常に低い。また、検出シーケンスを設計するために、対象となる異常の予備知識が必要となる。
図01:魚
FISHは、主に感染症の分子診断において、病原体の存在を特定・確認するために多くの応用がなされている。さらに、FISH技術は発生生物学、核型分析、系統分析、染色体の物理的局在の分野でよく利用されています。
比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)は、ゲノムDNA配列の変化を検出するDNAベースの分子細胞遺伝学的手法の一つである。染色体や遺伝子の変化を分析し、ゲノムDNA配列の変化を検出する高度な手法です。さらに、CGHでは実験試料と対照試料からDNAを分離・溶解する必要があります。その後、試料は2種類の蛍光色素(通常は赤と緑)を用いて標識する必要があります。その後、2つの試料を混合し、競合的にハイブリダイゼーションさせる。最終的には、遺伝子重複、遺伝子欠損などのDNA変化、特に被験試料と対照試料のDNAコピー数の違いを分析する。
図02:CGH
CGHにはもう一つバージョンがあり、これは通常のCGHよりも高度な方法です。これはアレイベースCGHまたはaCGHと呼ばれる技術で、aCGHでは1回の実験で数千の配列中の遺伝子または配列欠失を正確に同定することができます。
FISHは蛍光プローブを用いて特定のDNA配列を検出するin situハイブリダイゼーション技術であり、CGHはゲノムDNA配列の変化を検出する分子ハイブリダイゼーション技術である。これがFISHとCGHの決定的な違いなんですね。
また、FISHでは検出配列を設計するために対象となる異常を事前に知る必要があるが、CGHでは事前知識は不要である。また、FISHとCGHのもう一つの違いは、FISHは解像度に限界があるのに対し、aCGHは高い解像度を持つということです。
以下のインフォグラフィックは、FISHとCGHの違いをまとめたものです。
FISHは蛍光標識したプローブを用いて染色体上の特定のDNA配列を検出し、CGHはゲノムDNAの変化を検出するのに役立つ。これがFISHとCGHの決定的な違いなんですね。
1 Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) Nature News, Nature Publishing Group, available here.Hester, Susan D et al.「マイクロアレイプラットフォームを横断する比較ゲノムハイブリダイゼーション技術」、バイオ分子技術誌:JBT、バイオ分子資源施設協会、2009年4月、こちらから入手可能 2 Hester, Susan D et al.「マイクロアレイプラットフォームを横断する比較ゲノムハイブリダイゼーション技術」、生体分子技術研究会誌:JBT、生体分子資源施設協会、2009年4月。