VNTRとプローブの大きな違いは、VNTRがゲノム上にタンデムリピートとして存在する短い塩基配列であるのに対し、プローブは合成DNAまたはRNAの短い配列で、放射性同位体で標識することができる点である。

VNTRとは、Variable Number Tandem Repeatの略で、日本語では「可変長タンデム反復配列」と訳されます。vntrは、ゲノム上でタンデムに繰り返される短い塩基配列で、私たちのゲノムにも自然に存在しています。プローブとは、合成された短いDNAまたはRNAの配列のことです。プローブもVNTRも核酸または短いヌクレオチド配列である。vNTRとプローブは類似点と相違点があり、主に法医学研究において様々な分子生物学的手法で利用されています。そこで、本論文では、VNTRとプローブの違いを強調することを試みる。

カタログ

1. 概要と主な相違点 2. VNTR とは 3. プローブとは 4. VNTR とプローブの類似点 5. 横並びの比較 - VNTR とプローブの表形式 6. まとめ

VNA TR(a vntr)は何ですか？

VNTRは、私たちのゲノム中にタンデムリピートの形で存在する短い塩基配列で、多くの染色体に存在する。また、vntrの繰り返し数が異なるため、個体によってvntrの長さが異なる。基本的には、両親から対立遺伝子が受け継がれるためである。そのため、vntrは主に親の識別（相続）のため、あるいは個人的な目的のために使用しています。同様に、遺伝学、法医学、生物学的研究、DNA指紋の採取などにも利用できる。そのため、VNTRは分子生物学において重要なツールとなっています。

図01：VNTR

VNTRデータの解析には、「継承性マッチング」と「同一性マッチング」という2つの基本原理を用います。遺伝子の照合では、個体は親の対立遺伝子と一致する対立遺伝子を持たなければならない。ID照合の際、2つのVNTR対立遺伝子はゲノムの特定の位置に現れる必要がある。

プローブ(探針)は何ですか？

分子生物学では、プローブは100から1000塩基の長さの合成DNAまたはRN**セグメントである。このプローブに放射能を標識することができるのです。したがって、プローブ配列と相補的なターゲット塩基配列を検出するために使用するのである。サンプルにプローブを加えると、相補的な配列あるいは標的配列とハイブリダイゼーションが起こるので、標的配列を容易に特定することができる。プローブは放射性物質を持っているので、簡単に検出することができます。

図02：プローブ

法医学では、ショートタンデムリピート領域の検出、制限断片長多型、DNAフィンガープリントなどのDNA解析技術にプローブがよく使われます。

株式会社ビー・エヌ・ティー・エヌ（vntr）とプローブ（探針）の共通点

• 核酸はVNTRやプローブに不可欠な要素です。
• 遺伝子の同定作業で使用しています。
• しかも、どれも長さが可変です。
• 法医学研究、DNA指紋採取、遺伝学などの分野で重要なツールとなっている。

株式会社ビー・エヌ・ティー・エヌ（vntr）とプローブ（探針）の違い

VNTRはゲノム上でタンデムに繰り返される領域であり、プローブはサンプル中の標的配列を検出するために合成される短いDNAまたはRNA配列である。これがVNTRとプローブの重要な違いなんですね。VNTRとプローブのもう一つの重要な違いは、VNTRとは異なり、プローブを放射性物質で標識できることである。

また、vntrは主に親の同定を行うのに対し、プローブはプローブ配列と相補的なDNAやRNAサンプル中の標的塩基配列の検出を助けるものである。このように、vnaとtrの間にも大きな違いがあります。

VNTRとプローブの違いについては、以下のインフォグラフィックで詳しく説明しています。

概要 - 株式会社ビー・エヌ・ティー・エヌ（vntr） vs. プローブ（探針）

VNTRやプローブは、法医学研究やDNA指紋採取などの分子解析技術によく利用されています。どちらも可変長で構成されています。しかし、VNTRとプローブの大きな違いは、VNTRがゲノム中のタンデムに繰り返される配列領域であるのに対し、プローブは放射性同位元素で標識可能なDNAまたはRN**セグメントであることです。さらに、vntrはゲノムに存在する。しかし、プローブは合成であり、DNAまたはRNA試料中のプローブ配列に相補的な標的ヌクレオチド配列を検出するために、放射性同位元素を標識することが可能である。そこで、本稿では、VNTRとプローブの違いについてまとめた。

引用

1 "Variable tandem repeat sequences (VNTR) and their application in bacterial epidemiology", Science Alert: The Journal, available here.「2 「DNAプローブ」Nature News, Nature Publishing Group, こちらからご覧いただけます。