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遺伝マーカーは、分子生物学において、個体間や種間の遺伝的変異を同定するために用いられる。RAPDは、短い任意のオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、生物の鋳型DNAの複数の位置をランダムに増幅することに基づいて行われる。RFLPは、特定の**制限酵素を用いて行われ、得られた制限断片のRAPLとRFLPの大きな違いは、RAPDが事前の配列知識を必要としないPCR技術であるのに対し、RFLPはPCRに関与せず、その実施に事前の配列知識が必要な点である。
目次 1. 概要と主な違い 2. RAPD3とは何かRFLPとは 4.横並び比較 - RAPDとRFLP 5.まとめ
RAPDは、分子生物学において有用な分子マーカーである。RAPDは、標的DNAテンプレートの複数の位置をランダムに増幅して多型DNA配列を生成する方法です。RAPDは、PCR増幅に任意の配列を持つ短いオリゴヌクレオチドプライマーを使用します。プライマーは、先験的な配列の知識なしに人工的に合成されたものである。そのため、シンプルで実用的な技術であると考えられる。
RAPDはいくつかの大きなステップを経て行われます。
プライマーのアニーリングにばらつきがあるため、増幅の際に長さの異なる断片が生成された。その結果、ゲル上のバンドパターンが個体や種によって異なる。したがって、RAPD法を用いると、生物間の遺伝的変異を検出し、同定・鑑別を行うことができます。
RAPD技術は、近縁種間の遺伝的差異の特定、遺伝子の局在、DNA指紋、遺伝性疾患の特定など、分子生物学的研究に広く利用されています。
図01:RAPD
制限酵素断片長多型(RFLP)は、分子生物学において、相同なDNA配列における遺伝的変異を同定するために用いられる分子マーカーである。DNAの指紋を採取するために開発された最初の遺伝子マーカーである。すべての生物は、特定の制限酵素によって制限されると固有のDNAプロファイルを生成します。RFLPは、個体固有のDNAプロファイルを生成し、個体間の遺伝的変異を検出するための重要な手段です。DNAサンプルを特定の制限酵素で消化すると、各個人に固有の異なるDNAプロファイルが生成されます。したがって、この方法の基本原理は、相同なDNAを特定の**制限酵素で制限することによって生物間の遺伝的変異を検出し、断片長多型をゲル電気泳動やブロッティングによって解析することである。ブロッティングパターンはそれぞれの生物に固有のもので、特定の遺伝子型を特徴づけるものです。
RFLPは次のようなステップを踏みます。
RFLPは、遺伝病診断、ゲノム局在、犯罪者識別、父子鑑定など、幅広い分野で応用されています。
図02:RFLPジェノタイピング
RAPDとRFLP | |
RAPDは、ランダムプライマーとPCRに基づく分子マーカー技術である。 | RFLPは、異なる長さの制限断片の生成に基づく分子マーカーである。 |
必要なサンプル | |
RAPD解析には、少量のDNAサンプルで十分です。 | RFLP解析には、大量の抽出DNAサンプルが必要です。 |
時間 | |
RAPDは高速で処理できる。 | RFLPは時間がかかる作業です。 |
プライマー塗布 | |
ランダムプライマーを使用することで、異なる生物種に対して同じプライマーを使用することができます。 | RFLPハイブリダイゼーション用種特異的**プローブ。 |
信頼性 | |
この技術は、RFLPに比べると信頼性が低い。 | RFLPは信頼性の高い技術です。 |
インク吸収 | |
RAPDにはサザンハイブリダイゼーションが含まれます。 | サザンハイブリダイゼーションは、RFLPの一工程である。 |
アレルバリアント検出 | |
RAPDでは、対立遺伝子変異は検出されなかった。 | RFLPは対立遺伝子変異を検出することができます。 |
連続した知識の必要性 | |
RAPDは、先験的な配列の知識を必要としません。 | プローブの設計には、先験的な配列の知識が必要である。 |
ピークセル | |
PCRはRAPDに関連しています | PCRはRFLPとは無関係です。 |
再現性 | |
低いRAPD再現性 | RAPDと比較して、RFLP-isは高い再現性を持っています。 |
RAPDとRFLPは分子生物学において重要なマーカーである。RAPDはランダムプライマーを用いて行い、RFLPは特定の制限酵素を用いて行う。RAPD法はRFLP法に比べて手順が少なく、個々の生物に特異的なDNAプロファイルを得ることができます。しかし、RFLPほど信頼性・再現性の高い結果を得ることはできません。これがRAPDとRFLPの大きな違いです。
R 文献: 1. Dos, J.B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang and M.K. Slocum. Comparison of RAPD and RFLP genetic markers in determining genetic similarity between kale type oilseed rape genotypes.RAPDはRAPDとRFLPの2つの遺伝マーカーからなる。理論および応用遺伝学。理論と実践...u. 米国国立医学図書館, 1994年3月.Web. 2017年4月12日。RFLP、RAPD、AFLPの比較。