主要區別
內毒素與外毒素的主要區別在於內毒素是脂多糖-蛋白質複合物，是細菌細胞壁的結構成分，而外毒素是特定細菌分泌的蛋白質。
內毒素(endotoxin) vs. 外毒素(exotoxin)
內毒素是革蘭氏陰性菌細胞膜的組成部分，在某些情況下會變成毒素。外毒素是不耐熱的蛋白質類物質或類毒素，主要由革蘭氏陽性菌釋放，有時也由革蘭氏陰性菌釋放到周圍。內毒素是相關的細胞毒素，而外毒素是細胞外可擴散的毒素。內毒素的分子量在50-1000KDa之間，與脂多糖複合物有關，而外毒素的分子量約為10kDa，與蛋白質複合物有關。內毒素在250°C左右加熱時表現出穩定性，加熱時不變性，而外毒素不耐熱，在一分鐘的溫度下就會變性。當內毒素攻擊細胞時，免疫反應減弱，酶活性高，但抗原性差；外毒素時免疫反應增強，但無酶活性，抗原性高。
比較圖
什麼是內毒素(endotoxin)？
內毒素存在於細菌的細胞包膜或外膜中，因此被稱為細胞相關成分，負責細菌的結構元素。內毒素也被稱為脂多糖（LPS）。這些細菌位於革蘭氏陰性菌的外表面，在某些情況下會對其所附著的宿主產生毒性。在細菌學中，脂多糖一詞保留在革蘭氏陰**原體的外表面，如大腸桿菌、假單胞菌、志賀氏菌、流感、霍亂弧菌和百日咳博德特菌。這些內毒素LPS在細胞溶解或死亡時從細菌中釋放出來。在脂多糖中，毒性與脂類含量有關，而免疫原性與多糖含量有關。在動物體內，內毒素引起各種炎症反應，並透過替代途徑啟用補體。生長中的細菌會產生少量的內毒素，這對細菌的生長起著重要的作用。
什麼是外毒素(exotoxin)？
外毒素通常由細菌分泌，並透過酶作用或直接作用於宿主細胞。這些是由細菌分泌到周圍區域的。這些是蛋白質或多肽，主要作用於遠離細菌生長或侵襲的組織部位。通常外毒素是在細菌細胞生長的指數階段分泌的。毒素的產生是特定於某些已知能產生疾病的細菌，例如破傷風梭狀芽孢桿菌被稱為提供破傷風類毒素，而白喉角桿菌則被稱為分泌白喉毒素。這些型別是細菌的毒性菌株，可以分泌毒素，而非病毒菌株則不會。外毒素是已知的最有害的物質和毒素，甚至是每公斤濃度的納克。外毒素比內毒素更致命。
外毒素可以透過抑制蛋白質合成（白喉毒素）、啟用免疫反應（金黃色葡萄球菌）、啟用次級信使途徑（霍亂毒素）、金屬蛋白酶活性（破傷風毒素）甚至破壞細胞膜（大腸桿菌溶血）等多種方式觸發宿主。
主要區別
- 內毒素是細菌細胞壁的組成部分，而外毒素是由細菌分泌的。
- 內毒素只存在於革蘭氏陰性菌中，而外毒素存在於革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌中。
- 內毒素是脂多糖複合物，而外毒素是多肽。
- 內毒素是熱穩定的，而外毒素是不耐熱的（60°C）
- 內毒素是弱免疫原性的，而外毒素是高度抗原性的。
- 內毒素沒有特**受體，而外毒素有特**受體結合。
