玛格丽特·博福特为促进儿子继承权所做的长期努力在情感上和物质上都得到了丰厚的回报。亨利七世打败了理查三世并成为国王，于1485年10月30日加冕。据报道，现年42岁的母亲在加冕典礼上哭泣。从这一点上说，她在法庭上被称为“我的夫人，国王的母亲。”

亨利·都铎与约克郡伊丽莎白的婚姻将意味着他的孩子们的王位权利将更加安全，但他想确保自己的主张是明确的。由于亨利通过继承权获得的权利相当有限，而且女王以自己的权利统治的想法可能会给人留下马蒂尔达时代内战的印象，因此亨利通过战争胜利而不是与伊丽莎白的婚姻或他的家谱来获得王冠。他在1483年12月公开承诺与约克的伊丽莎白结婚，以此来强化这一点。

1486年1月18日，亨利·都铎与约克的伊丽莎白结婚。他还要求议会废除该法案，根据理查德三世的规定，该法案宣布伊丽莎白为非法。（这可能意味着他知道她的兄弟们，塔里的王子们，他们对王位的要求比亨利更高，已经死了。）他们的长子亚瑟几乎恰好在九个月后，1486年9月19日出生。伊丽莎白第二年被加冕为王后。

独立女性，国王的顾问

亨利在英国境外流亡多年后成为国王，在管理政府方面没有多少经验。玛格丽特·博福特曾建议他流亡国外，现在她是他作为国王的亲密顾问。从他的信中我们知道，他曾就法庭事务和教会任命问题咨询过她。

1485年废除约克郡伊丽莎白的私生子地位的议会也宣布玛格丽特·博福特为女性专属——与女性隐秘者或妻子形成对比。她仍然与斯坦利结婚，这一身份使她获得了法律赋予的独立性，而法律赋予她的女性和妻子则更少。这使她完全独立，并控制了自己的土地和财政。几年来，她的儿子还授予她相当多的由她独立控制的土地。当然，在亨利或他的继承人去世后，由于她没有其他孩子，这些遗产将归亨利或他的继承人所有。

尽管玛格丽特·博福特从未真正成为过女王，但她在法庭上却被视为女王母亲或皇太后。1499年后，她采用了“玛格丽特R”的签名，这可能意味着“女王”（或可能意味着“里士满”）。她的儿媳伊丽莎白女王的地位比她高，但玛格丽特紧跟在伊丽莎白后面，有时穿着类似的长袍。她的家庭很豪华，是英国仅次于她儿子的最大的家庭。她可能是里士满和德比的伯爵夫人，但她的行为与女王不相上下。

1487年，伊丽莎白·伍德维尔（Elizabeth Woodville）从法院退休，人们相信玛格丽特·博福特（Margaret Beaufort）可能是促使她离开的原因。玛格丽特·博福特负责监管皇家托儿所，甚至女王的卧床手续。她被授予年轻的白金汉公爵爱德华·斯塔福德（Edward Stafford）的监护权，爱德华·斯塔福德是她已故盟友（以及她已故丈夫的侄子）亨利·斯塔福德的儿子，亨利七世恢复了他的头衔。（亨利·斯塔福德因在理查德三世时期犯有叛国罪而被剥夺了他的头衔。）

涉及宗教、家庭、财产

在晚年，玛格丽特·博福特（Margaret Beaufort）以无情地捍卫和扩展她的土地和财产，以及负责监督她的土地并为她的房客改善土地而闻名。她为宗教机构慷慨解囊，特别是支持剑桥的神职人员教育。

玛格丽特光顾了出版商威廉·卡克斯顿（William Caxton），并委托出版了许多书，其中一些将分发给她的家人。她从卡克斯顿买了浪漫小说和宗教书籍。

1497年，牧师约翰·费舍尔成为她的私人忏悔者和朋友。在国王母亲的支持下，他开始在剑桥大学崭露头角并获得权力。

据说她在1499年得到了丈夫的同意，发誓要贞节，此后她常常与丈夫分居。从1499年到1506年，玛格丽特住在北安普敦郡科利威斯顿的一个庄园里，对其进行了改造，使其成为一座宫殿。

当阿拉贡的凯瑟琳被安排与玛格丽特的长孙亚瑟结婚时，玛格丽特·博福特被指派与约克的伊丽莎白一起挑选为凯瑟琳服务的女性。玛格丽特还敦促凯瑟琳在来英国之前先学法语，这样她就可以和她的新家庭交流了。

亚瑟于1501年与凯瑟琳结婚，第二年亚瑟去世，他的弟弟亨利随后成为继承人。同样在1502年，玛格丽特向剑桥大学拨款，成立了玛格丽特夫人神性教授职位，约翰·费舍尔成为第一位担任该职位的人。当亨利七世任命约翰·费希尔为罗切斯特主教时，玛格丽特·博福特在选择伊拉斯谟作为玛格丽特夫人教授职位的继任者方面发挥了重要作用。

第二年，约克郡的伊丽莎白在生下她的最后一个孩子（活不了多久）后去世，也许是因为她想再生一个男性继承人，但却徒劳无功。尽管亨利七世谈到要再找一个妻子，但他并没有采取行动，他对失去妻子感到由衷的悲痛，尽管最初是出于政治原因，他与妻子的婚姻令人满意。

亨利七世的大女儿玛格丽特·都铎（Margaret Tudor）是以祖母的名字命名的。1503年，亨利带着女儿和整个王室来到了母亲的庄园。随后，他带着大部分法庭成员回到家中，而玛格丽特·都铎则继续前往苏格兰与詹姆斯四世结婚。

1504年，玛格丽特的丈夫斯坦利勋爵去世。她把更多的时间用于祈祷和宗教仪式。尽管她继续住在自己的私人住宅中，但她属于五个宗教团体。

约翰·费舍尔（John Fisher）成为剑桥大学的校长，玛格丽特（Margaret）开始赠送礼物，以建立根据国王宪章重建的基督学院。

去年

在她去世之前，玛格丽特通过她的支持，将一所丑闻缠身的修道院改建为剑桥圣约翰学院。她的遗嘱规定继续支持该项目。

她开始在生命的尽头做计划。1506年，她为自己建造了一座陵墓，并将文艺复兴时期的雕塑家彼得罗·托里吉亚诺带到英国进行修建。1509年1月，她准备了她的最终遗嘱。

1509年4月，亨利七世去世。玛格丽特·博福特来到伦敦，安排了她儿子的葬礼，在那里她比其他所有王室女性都享有优先权。她的儿子在遗嘱中指定她为首席执行人。

1509年6月24日，玛格丽特帮助安排并出席了她的孙子亨利八世和他的新新娘阿拉贡的凯瑟琳的加冕礼。葬礼和加冕典礼前后的活动可能加剧了玛格丽特与健康的斗争，她于1509年6月29日去世。约翰·费舍尔在她的安魂弥撒上作了布道。

主要是由于玛格丽特的努力，都铎王朝统治英格兰直到1603年，随后是她的孙女玛格丽特·都铎的后代斯图亚特王朝。