并非所有形式的细菌都是有害的；不到1%是疾病或感染源。不幸的是，这一微小的比例经常导致一些严重的，有时甚至是致命的疾病。细菌感染治疗几乎总是涉及口服或局部应用抗生素。这种治疗过程的唯一危险是，人和细菌都会对抗生素产生免疫力。

医生在开细菌感染治疗处方前必须识别特定的细菌。这通常通过血液测试、尿液测试或明显感染区域的培养来完成。葡萄球菌——通常称为葡萄球菌感染——通常通过切口进入人体。葡萄球菌感染进入血液可导致呼吸衰竭和死亡。

链球菌是某些类型肺炎、鼻窦炎、猩红热和链球菌性咽喉炎的来源。其他类型的危险细菌包括大肠杆菌和沙门氏菌。好消息是，如果及早发现，几乎所有这些细菌传播的疾病都是可以治疗的。

细菌感染的治疗取决于疾病的严重程度和细菌传播的程度。广谱抗生素，如四环素，能够攻击和杀死许多不同类型的细菌。针对更特殊疾病的细菌感染治疗可能需要青霉素等中谱抗生素。窄谱抗生素被设计用来攻击单一形式的细菌。

由于获得性免疫力的问题，医生们小心不要过量使用抗生素。细菌很快就能适应，而在一次疾病发作期间起作用的药物在下次需要时可能会失效。轻微细菌感染的治疗有时可以用草药或补充剂。

大蒜可能是治疗细菌感染最著名的草药；它可以生吃，也可以补充。辣椒，如辣椒、墨西哥辣椒和哈巴内罗辣椒，也被认为有助于抵抗有害细菌的影响。牛至油在东方国家已经使用了几个世纪，通常用于治疗呼吸道或泌尿道的细菌感染。

细菌感染也可以通过健康饮食和摄入某些维生素和矿物质来缓解。维生素A、E和C经常被推荐，在很大程度上有助于增强人体免疫系统。酸奶和奶酪含有有助于抵抗感染的益生菌。治疗细菌感染的最好方法是避免它们。适当的卫生，特别是经常用热肥皂水洗手，是最有效的预防措施之一。