黄芪是一种用作免疫补充剂和便秘治疗的中药根，如果经常使用，或与其他药物联合使用，在较高剂量下可能会产生一些副作用。黄芪最常见的副作用涉及免疫抑制药物或自身免疫性疾病。黄芪可以将免疫抑制药物的效果降低到健康或安全参数之外。在自身免疫性疾病的情况下，根可以增强免疫系统功能，触发或恶化疾病症状。。

使用皮质类固醇的患者或使用环磷酰胺的移植患者可能会出现黄芪的副作用。根会降低这些药物的有效性。这类药物通常用于降低免疫反应。作为一种免疫增强剂，黄芪通过增强免疫反应来对抗。与自身免疫性疾病相关的副作用也与用于治疗上述疾病的药物有关。治疗HIV/AIDS、狼疮和多发性硬化症的药物都可能与黄芪相互作用，从而降低治疗效果，尽管黄芪已被建议作为一种替代疗法，以增强免疫缺陷疾病的免疫反应。。

如果与根结合，锂也会产生负面影响。黄芪会干扰人体处理和处置该药物的能力，从而导致锂的毒性积累。作为利尿剂，根还可能与处方利尿剂发生交叉反应或相互作用。其他可能产生反应的药物包括抗病毒药物、抗凝剂和低血糖药物。

作为一种泻药，如果服用过量或使用时间过长，黄芪会导致脱水。其他与泻药相关的黄芪副作用包括泻药依赖、肠功能不良、结肠损伤和慢性便秘。大多数影响可以通过减少或消除含有黄芪的补充剂的使用来治疗。

黄芪对孕妇或哺乳期妇女的副作用尚不清楚。医生和其他医学专业人士建议，如果怀孕或哺乳，不要食用含有黄芪的食物、饮料或补充剂。黄芪也不应该给儿童服用，即使剂量有限。剂量随身高、体重和年龄的不同而不同，对于儿童来说很难测量。

有些人可能对黄芪过敏。这种植物是紫云英家族的一员，对豌豆或相关植物过敏的人会产生过敏反应。其他人则报道了黄芪与皂角的交叉反应产生的副作用。某些种类的黄芪涉及牲畜中毒。这些物种与用于人类治疗的物种不同。