甲氧苄啶是一种用于治疗尿路感染、旅行者腹泻和肺炎的抗生素。该药最常见的副作用是皮肤不适，其他副作用包括过敏反应、胃肠道症状以及对血细胞和电解质水平的影响。服用甲氧苄啶的一个罕见副作用是发展成脑膜炎。

皮疹和瘙痒是甲氧苄啶最常见的副作用之一，这种情况下皮肤会变得瘙痒。在服用100毫克（mg）或200毫克标准10天疗程的人群中，2.9%至6.7%的人会出现皮疹。皮疹对阳光也很敏感。服用更大剂量的药物会增加皮疹发生的可能性。皮疹发生在开始抗生素治疗后的一到两周内，通常为轻度至中度。。

甲氧苄啶接下来最常见的不良反应包括胃肠道症状，如恶心、呕吐和胃部不适。更严重的胃肠道症状需要医疗护理，包括严重腹泻、血便或柏油样大便、胃痉挛、排尿减少、阴道刺激和阴道分泌物。其他需要医疗护理的副作用包括胸痛、发烧、寒战、喉咙痛、异常瘀伤或出血、异常疲劳或虚弱、颈部疼痛或僵硬、皮肤异常苍白、关节或肌肉疼痛、癫痫发作、皮肤紫色斑块或皮肤或眼睛变黄。。

甲氧苄啶的作用是阻止细菌合成叶酸，因为细菌要生长必须合成叶酸。因此，该药物通常与磺胺类药物联合使用，后者可阻断细菌叶酸合成的不同步骤。甲氧苄啶联合疗法最常用于治疗肺炎。

甲氧苄啶对叶酸合成的抑制也可能使叶酸缺乏的患者更容易患某种类型的贫血，称为巨幼细胞性贫血。不同的甲氧苄啶副作用还包括其他血液疾病，如白细胞减少症和血小板减少症。这种药在极少数情况下会导致黄疸。在极少数情况下，甲氧苄啶也可能导致无菌性脑膜炎，但在狼疮等结缔组织疾病患者中，作为副作用发展为脑膜炎可能更常见。。

甲氧苄啶的副作用包括对该药物的严重过敏反应。甲氧苄啶过敏反应的症状包括荨麻疹；皮疹瘙痒的；呼吸困难；面部、颈部和舌头肿胀；胸闷。该药物还可能导致电解质失衡，如低钠水平或高钾水平。