使用抗生素治疗葡萄球菌感染有几个主要的优点和缺点，其严重程度和可处理性各不相同。主要优点包括有效治疗和安全性，主要缺点包括潜在的抗生素耐药细菌，如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA），以及抗生素的副作用。在开始治疗葡萄球菌感染之前，个人应咨询医生。

许多葡萄球菌抗生素已被成功用于治疗感染。对于轻微的葡萄球菌感染，如皮肤感染，将开出含有三种主要抗生素的简单药膏。更严重的感染需要静脉注射抗生素来治疗葡萄球菌。某些形式的葡萄球菌对抗生素有耐药性，但这一治疗过程对某些菌株非常有效，而其他治疗都失败了。针对葡萄球菌的抗生素有助于在感染扩散或变得更严重之前阻止其生长。。

葡萄球菌感染的抗生素治疗的主要缺点之一是耐药细菌的数量不断增加。尽管青霉素是最常见的葡萄球菌感染治疗方法，但自20世纪80年代以来，这种细菌对这种抗生素的耐药性不断增加，因此需要更强的药物治疗。目前，大约50%的葡萄球菌感染对治疗中使用的标准抗生素具有耐药性。抗生素在整个社会的广泛使用，不仅仅是在葡萄球菌感染的治疗中，导致了抗生素耐药细菌的大量增加。。

MRSA感染也是使用抗生素治疗葡萄球菌的一个缺点，因为它们对这种治疗方法没有反应。青霉素、苯唑西林、阿莫西林、甲氧西林和香兰素等主要抗生素不能治愈MRSA感染。因此，需要更强的抗生素来治疗这些严重感染，这可能会增加患者所经历的不良副作用。

抗生素的副作用是这种治疗葡萄球菌感染的方法的另一个缺点。恶心、呕吐、腹泻和胃部不适是葡萄球菌抗生素常见的副作用。一些患者也可能对抗生素治疗产生严重过敏反应，包括荨麻疹、瘙痒、头晕和晕厥、呼吸急促或舌头上出现白色斑点。一些抗生素不能与激素避孕药等其他药物结合使用，也不能在怀孕期间或饮酒时使用。这些禁忌症可能会带来健康风险，从而阻止某些患者在感染葡萄球菌时服用抗生素。。