有许多因素会影响嗜酸菌的足够剂量，其中包括拟治疗的疾病类型、同时使用其他药物以及患者的年龄。嗜酸乳杆菌是一种无害细菌，自然存在于人体内。它可以口服，以防止服用抗生素的人腹泻或促进肠道健康。也可在阴道感染或尿布疹的情况下局部使用。

嗜酸乳杆菌是一种益生菌，有助于维持或恢复胃肠道和阴道的正常菌群。它通常以胶囊或粉末形式服用，但也可局部用于某些阴道感染，如细菌性阴道病。口服可能有助于预防或治疗旅行者腹泻或因成人和儿童使用抗生素引起的腹泻。它有时被作为肠易激综合征（IBS）或炎症性肠病（如克罗恩病或溃疡性结肠炎）治疗计划的一部分。。

成人嗜酸乳杆菌的典型剂量通常为一天三次，每次10亿到100亿个细菌或单位。根据一个人的疾病和年龄，这些单位可能是活的培养物，也可能是热灭、冻干的细菌。否则，服用抗生素的健康成年人可以安全地耐受每天高达300亿单位的嗜酸菌剂量，并使用含有活细菌培养物的胶囊。对于儿童来说，通常认为热灭活的冷冻干燥形式更安全，婴儿应谨慎使用补充剂。儿童嗜酸性粒细胞每天的总剂量不应超过50亿至100亿单位。。

热灭性嗜酸乳杆菌补充剂每天服用两次，每次不超过100亿单位，可在一定程度上缓解肠易激综合征（IBS）患者的症状。患有克罗恩病或溃疡性结肠炎的患者也可能受益于在他们的治疗计划中添加益生菌补充剂，典型的嗜酸菌剂量应该是每天100亿热灭活单位。药物相互作用确实存在。嗜酸乳杆菌可加快用于治疗溃疡性结肠炎和类风湿性关节炎的药物柳氮磺胺吡啶在体内的代谢速度，因此最好避免同时使用。常见感染的阴道栓剂通常不超过10亿单位，一周内每天使用两次。。

有报道称一些嗜酸菌胶囊被对胃肠道有害的细菌污染，因此需要谨慎。胶囊应该冷藏。免疫抑制者和牛奶过敏者不应在未咨询医生的情况下服用益生菌。嗜酸性菌的摄入通常会产生一些轻微的副作用。这些症状包括肠胃胀气和腹胀。