ランダムプライマーとオリゴdTの重要な違いは、ランダムプライマーは、すべての可能な6量体オリゴヌクレオチド配列の混合物であるのに対し、オリゴdTプライマーは12-18個のデオキシシトシンからなる一本鎖であることである。

逆転写は、mRNAやあらゆる種類のRNAを用いてcDNAを合成する仕組みである。cDNAを得るためには、逆転写酵素をはじめ、テンプレートやプライマーなどの必要なコンポーネントを用意する必要があります。プライマーとは、標的配列を増幅するために設計された短いDNA配列のことである。逆転写プライマーとしては、ランダムプライマーとオリゴヌクレオチドプライマーが一般的である。このように、ランダムプライマーやオリゴdTプライマーは、逆転写酵素が逆転写を開始するために必要な短いDNAオリゴヌクレオチド配列である。RNAの鋳型に応じて、この2つのプライマーから適切なプライマーを選択することができます。

カタログ

1. 概要と主な違い 2. ランダムプライマーとは 3. オリゴとは 4. ランダムプライマーとオリゴdTの類似点 5. 横並び比較-ランダムプライマーとオリゴdTの表形式 6. 総括

ランダムプライマーは何ですか？

ランダムプライマーは、すべての可能な6量体配列を表すオリゴヌクレオチドの混合物である。ランダムプライマーは、プライマー配列が 5´-d(NNNNNN)-3´N=G, A, T または C であるため、一本鎖 DNA または RNA をそれぞれ DNA polymerase または逆転写酵素で増幅する際に使用できる。また、ランダムプライマー混合物は、RNA のすべての領域を増幅して cDNA を生産できる。したがって長さの異なるcDNA

図01：ランダムプライマー

最も重要なことは、ランダムプライマー混合物は鋳型特異性**を示さないということである。mRNAと他のRNAの区別はありません。さらに、サンプルに含まれるあらゆる種類のRNAとアニーリングすることができます。ただし、ランダムプライマー混合物は、rRNA、tRNA、ノンコーディングRNA、small RNA、原核生物mRNAなどのポリ（A）テールを持たないRNA、分解RNA、二次構造が既知のRNAの逆転写に好適である。

オリゴデオキシチミジン(オリゴdt)は何ですか？

オリゴ糖dTプライマーは、12-18個のデオキシシチジン（dT）を伸長させたものである。プライマー配列は、5´-d (TTT-TTTT-TTTT-TTTT-TTTT-3) と表すことができる。ポリ（A）テールを含むmRNAからcDNAを調製するために用いられる。基本的には逆転写酵素触媒反応のプライマーとして作用する。逆転写の際、ほとんどの真核生物のmRNAは3′末端にオリゴアデニル酸の尾を持つオリゴdTプライマーを持ち、アニールしてプロセスを開始する。

図02：Oligo-dTプライマーを用いた逆転写の様子

オリゴdTプライマーは、ランダムプライマーと異なり、原核生物RNAやマイクロRNAなど、分解されたRNAやポリ（A）テールを欠くRNAには適さない。

ランダムプライマーとオリゴdtの共通点

• 逆転写やcDNA**に用いられるプライマーには、ランダムプライマーとオリゴヌクレオチドプライマーがある。
• オリゴdTプライマーと組み合わせてランダムプライマーを使用することで、cDNA合成の感度が向上します。
• 一本鎖の短いヌクレオチド配列である。

ランダムプライマーとオリゴdtの違い

ランダムプライマーとは、ランダムな配列からなる短いオリゴヌクレオチド配列のことです。一方、オリゴdTプライマーは、12～18個のデオキシシトシンからなる短鎖である。これが、ランダムプライマーとオリゴdTの決定的な違いなんですね。ランダムプライマーは5´-d（NNNNN）-3´N＝G、A、TまたはCの配列を有し、オリゴdTプライマーは5´-d（TTT-TTTT-TTTT-TTTT）-3´の配列を有します。したがって、これもランダムプライマーとオリゴdTの違いと考えることができる。

ランダムプライマーは、あらゆる種類のRNAとアニーリングして鋳型特異性**を示さず、オリゴdTプライマーは、真核生物のmRNAのポリ（A）テールに特異性**を示します。

以下のインフォグラフィックは、ランダムプライマーとオリゴマーdTの違いをまとめたものです。

概要 - ランダムプライマー vs. オリゴdt

ランダムプライマーとオリゴdTプライマーは、cDNA合成に使用する2つのプライマーです。ランダムプライマーは、すべての可能な6量体配列を表すオリゴヌクレオチドの混合物であり、オリゴdTプライマーは12～18個のデオキシシトシンからなる一本鎖の配列である。これが、ランダムプライマーとオリゴdTの決定的な違いなんですね。また、オリゴdTプライマーはポリ（A）テールを持つRNAの全長逆転写に使用できますが、ランダムプライマーは分解RNA、ポリ（A）テールを持たないRNA、二次構造を持つRNAなど、ほとんどのRNA種の逆転写に使用できます。したがって、ランダムプライマーはポリ（A）テールを持つ真核生物のmRNAに対してテンプレート特異性を持ちません**。一方、オリゴdTプライマーは、真核生物のmRNAに特異的**です。

引用

1 "Reverse Transcription Device: Thermo Fisher Scientific, USA", Thermo Fisher Scientific, USA, available here.