隨機引物和oligo-dT的關鍵區別在於,隨機引物是所有可能的六聚體寡核苷酸序列的混合物,而寡聚dT引物則是由12-18個脫氧胞嘧啶組成的單鏈。
反轉錄是一種利用mRNA或任何一種RNA合成cDNA的機制。為了獲得cDNA,需要提供逆轉錄酶和其他必需的成分,尤其是模板和引物。引物是專為擴增靶序列而設計的短DNA序列。隨機引物和寡核苷酸引物是兩種常見的反轉錄引物。因此,隨機引物或寡-dT引物是逆轉錄酶啟動逆轉錄所需的短DNA寡核苷酸序列。根據RNA模板的不同,可以從這兩種引物中選擇合適的引物。
目錄
1. 概述和主要區別
2. 什麼是隨機引物
3. 什麼是寡頭
4. 隨機引物與Oligo-dT的相似性
5. 並列比較-隨機引物與寡聚dT的表格形式
6. 摘要
什麼是隨機引物(random primers)?
隨機引物是代表所有可能的六聚體序列的寡核苷酸的混合物。隨機引物的引物序列為5´–d(NNNNNN)–3´N=G、A、T或C。因此,隨機引物可分別用於DNA聚合酶或逆轉錄酶擴增單鏈DNA或RNA。另外,隨機引物混合物能夠擴增RNA的所有區域,產生cDNA。因此,它產生不同長度的cDNA。
最重要的是,隨機引物混合物不顯示模板特**。它不能區分mRNA和其他RNA物種。而且,它與樣本中的任何一種RNA進行退火。然而,隨機引物混合物適用於無poly(A)尾的RNA的反轉錄,如rRNA、tRNA、非編碼RNA、小RNA、原核mRNA等,降解RNA和已知二級結構的RNA。
什麼是寡脫氧胸苷酸(oligo dt)?
寡糖dT引物是12-18脫氧胞嘧啶(dT)的延伸。引物序列可表示為5´-d(TTT-TTT-TTT-TTT-TTT-TTT-TTT-3)。用於從含有poly(A)tail的mRNA中製備cDNA。基本上,它作為逆轉錄酶催化反應的引物。在反轉錄過程中,大多數真核mRNAs的3′端都有寡聚腺苷酸尾的寡-dT引物退火併啟動該過程。
與隨機引物不同,oligo-dT引物不適合降解的RNA或缺少poly(A)尾的RNA,包括原核RNA和microRNA。
隨機引物(random primers)和寡脫氧胸苷酸(oligo dt)的共同點
- 隨機引物和寡核苷酸引物是兩種用於反轉錄和cDNA**的引物。
- 隨機引物與寡聚dT引物結合使用可提高cDNA合成的敏感性。
- 它們是單鏈短核苷酸序列。
隨機引物(random primers)和寡脫氧胸苷酸(oligo dt)的區別
隨機引物是由一個隨機序列組成的短寡核苷酸序列。同時,oligo-dT引物是由12-18個脫氧胞嘧啶組成的短鏈。所以,這就是隨機引物和寡頭dT的關鍵區別。隨機引物的序列為5´-d(NNNNNN)–3´N=G、A、T或C,而寡-dT引物的序列為5´-d(TTT-TTT-TTT-TTT-TTT)-3´。因此,我們可以認為這是隨機引物和寡頭dT的另一個區別。
隨機引物不顯示模板特**,與任何一種RNA進行退火,寡頭dT引物對真核mRNA的多(A)尾具有特**。
下面的信息圖總結了隨機引物和寡頭dT的區別。
總結 - 隨機引物(random primers) vs. 寡脫氧胸苷酸(oligo dt)
隨機引物和oligo-dT引物是兩種用於cDNA合成的引物。隨機引物由寡核苷酸的混合物組成,代表所有可能的六聚體序列,而oligo-dT引物是由12到18個脫氧胞嘧啶組成的單鏈序列。所以,這就是隨機引物和寡頭dT的關鍵區別。此外,oligo-dT引物可用於帶poly(A)tail的RNA的全長反轉錄,而隨機引物可用於大多數RNA物種的反轉錄,包括降解RNA、缺少poly(A)尾的RNA和含有二級結構的RNA。因此,隨機引物對含有poly(A)tail的真核細胞mRNA無模板特**,而oligo-dT引物對真核細胞mRNA具有特**。
引用
1“反轉錄裝置:美國賽默飛世爾科技公司”,美國賽默飛世爾科技公司,可在這裡查閱。