BLASTとFastAの大きな違いは、BLASTはNational Centre for Biotechnology InformationのWebサイトにある基本的なアライメントツール、FastAはEuropean Bioinformatics InstituteのWebサイトにある類似性検索ツールである点です。

BLASTとFastAは、異なる種のDNA、アミノ酸、タンパク質、ヌクレオチドの生物学的配列を比較し、それらの間の類似性を見つけるためのソフトウェアで、広く使われているものです。これらのアルゴリズムは、スピードを意識して書かれています。これは、1980年代半ばに実験室でDNAを分離できるようになると、さらに高速に研究を進めるために、同一遺伝子を比較・発見する必要性が出てきたためです。そこで、両ソフトウェアは、ユーザーがクエリ配列と類似した配列を素早く検索できるように開発されました。

BLASTはBasic Local Alignment Search Toolの略で、局所的な手法で2つの配列を比較する。 FastAはFast aを指すソフトウェアで、aはallの略。ここでは、DNA配列の場合はFast A、タンパク質の場合はFast Pといったアルファベットで動作します。 BLASTとFastAは、あらゆるゲノムデータベースを高速に比較できるため、時間を節約しながら経済的に利用することが可能です。

カタログ

1. 概要と主な相違点 2. 爆発とは 3. FastA とは 4. BLAST と FastA の類似点 5. 横並び比較 - BLAST と FastA を表形式で 6. まとめ

ひと吹きは何ですか？

BLASTは1990年に開発された最も広く使われているバイオインフォマティクス・ソフトウェアの一つです。それ以来、NCBIのサイトで誰でも利用できるようになりました。また、誰でもアクセスし、使用することができます。また、BLASTはFastA形式のデータまたは配列を入力する必要があるソフトウェアです。BLASTは、2つの配列の局所的な類似性を検索し、類似した配列をショートリスト化し、近傍の類似性を検索することで動作します。

図01：ブラスト結果

そこで、類似した局所領域を大量に検索し、閾値に達すると結果を出すというもの。しかし、この処理は従来のソフトウェアと異なり、まず配列全体を検索してから比較するため、かなりの時間がかかってしまう。

BLASTは、上記の類似性チェックのほかにも、DNAの局在、異なる種の2つの同一遺伝子の比較、系統樹の作成など、多くの用途がある。

ファスタは何ですか？

FastA は、タンパク質配列アライメントソフトウェアです。David J. LipmanとWilliam R. Pearsonが1985年に発表したソフトウェアです。このソフトはもともとタンパク質の配列比較にしか使われていなかったが、改良版ではDNA配列の比較もできるようになった。ここでは、2つの配列間の類似性統計量を求める原理を利用したソフトウェアです。局所的な配列比較法により、DNAやタンパク質のある配列と別の配列を照合するものです。

図02：FastA

しかし、2つの配列のベストマッチではなく、局所的な領域を検索して類似性を見つける。また、局所的な類似性を比較することもあるため、ミスマッチが生じることもある。シーケンスの中で FastA は 1 から 6 までの k タプルと呼ばれる小さな部分を占め、他のシーケンスの k タプルとマッチングします。マッチング処理の最後に、ある閾値に達すると、結果を出す。

ひと吹きとファスタの共通点

• BLASTとFastAは、タンパク質とDNAの配列の類似性を比較するバイオインフォマティクスツールです。
• また、両プログラムとも配列の比較にはスコアリング方式を採用しています。
• また、どちらのツールも非常に正確な結果を得ることができます。

ひと吹きとファスタの違い

BLASTは生物学的な配列の類似性をチェックするツールです。一方、FastAもタンパク質とDNAの配列の類似性チェックを容易にするプログラムである。しかし、FastAに比べ、BLASTソフトはより正確で高速な結果が得られるため、非常に人気があります。このように、BLASTとFastAの違いは、この点にあります。また、FastAとは異なり、BLASTプログラムはユーザーのニーズに合わせて変更することが可能です。したがって、この点もBLASTとFastAの違いと言えます。

BLASTとFastAの違いについては、下記のインフォグラフィックに詳細が記載されています。

概要 - ひと吹き vs. ファスタ

BLASTとFastAは、ユーザーが作成したクエリ配列を既存のデータベース中の配列と比較し、類似性を確認するためのプログラムです。FastAはもともとタンパク質配列の比較を目的として作られました。しかし、このソフトの改良版では、タンパク質とDNAの配列の比較が容易になりました。FastAも良いソフトですが、BLASTはFastAより普及しており、より正確で早い結果が得られるので、ほとんどの人がBLASTアライメントツールを使っています。また、ブラストツールは、ユーザーの要望に合わせて変更することができます。つまり、BLASTとFastAの違いについてまとめたものです。

引用

1.マデン，トーマス"BLAST Sequence Analysis Tool," Current Neurology and Neuroscience Reports, U.S. National Library of Medicine, March 15, 2013.こちらから購入できます