约瑟夫·埃格斯顿·约翰斯顿于1807年2月3日出生于弗吉尼亚州法姆维尔附近。他是彼得·约翰斯顿法官及其妻子玛丽的儿子，因其父亲在美国革命期间担任指挥官的约瑟夫·埃格斯顿少校而得名。约翰斯顿还通过他母亲的家庭与帕特里克·亨利州长有亲戚关系。1811年，他和家人搬到弗吉尼亚州西南部田纳西边界附近的阿宾顿。

约翰斯顿在当地接受教育，1825年被陆军部长约翰·C·卡尔霍恩提名进入西点军校。作为罗伯特·E·李的同班同学，他是个好学生，1829年毕业，在46名学生中排名第13。约翰斯顿被任命为少尉，被派往美国第四炮兵部队。1837年3月，他离开军队开始学习土木工程。

战前生涯

同年晚些时候，约翰斯顿作为一名民用地形工程师参加了前往佛罗里达州的勘测探险队。在威廉·波普·麦克阿瑟中尉的带领下，该组织在第二次塞米诺尔战争期间抵达。1838年1月18日，他们在佛罗里达州朱庇特上岸时遭到塞米诺人的袭击。在战斗中，约翰斯顿的头皮被擦伤，麦克阿瑟的腿受了伤。他后来声称他的衣服上有“不少于30个弹孔”。事件发生后，约翰斯顿决定重新加入美国军队，并于4月前往华盛顿特区。7月7日，他被任命为地形工程师中尉，立即被任命为船长，以表彰他在木星的行动。

1841年，约翰斯顿南迁，参加了德克萨斯-墨西哥边界的勘测工作。四年后，他嫁给了利迪亚·穆利根·西姆斯·麦克莱恩（Lydia Mulligan Sims McLane），她是巴尔的摩和俄亥俄铁路公司总裁、著名前政治家路易斯·麦克莱恩（Louis McLane）的女儿。尽管结婚直到1887年她去世，这对夫妇从未有过孩子。约翰斯顿结婚一年后，随着美墨战争的爆发，他被要求采取行动。1847年，约翰斯顿在温菲尔德·斯科特少将的军队服役，参加了对墨西哥城的战役。他最初是斯科特参谋部的一员，后来担任一个轻步兵团的二把手。在这个角色中，他因在孔特雷拉斯和丘鲁布斯科战役中的表现而赢得了赞誉。在战役期间，约翰斯顿曾两次因勇敢而被授予中校军衔，并在塞罗·戈多战役中受葡萄弹重伤，在查普尔特佩克再次被击中。

战争期间

冲突结束后回到德克萨斯州，约翰斯顿在1848年至1853年间担任德克萨斯州部的首席地形工程师。在此期间，他开始给战争部长杰斐逊·戴维斯（Jefferson Davis）写一系列信件，要求调回一个现役团，并就他的布雷维特军衔进行辩论。尽管戴维斯于1855年在堪萨斯州利文沃思堡任命约翰斯顿为新组建的美国第一骑兵中校，但这些请求基本上被拒绝了。在埃德温·萨姆纳上校的领导下，他参加了反对苏族的战役，并帮助平息了堪萨斯州的流血危机。1856年，约翰斯顿奉命前往密苏里州杰斐逊兵营，参加了堪萨斯州边界的考察。

内战

在加利福尼亚服役后，约翰斯顿于1860年6月28日晋升为准将，并成为美国陆军的军需长。1861年4月内战爆发，他的祖国弗吉尼亚州脱离联邦，约翰斯顿从美国军队辞职。约翰斯顿是离开美国军队进入邦联的最高级别军官，最初被任命为弗吉尼亚州民兵少将，5月14日接受任命为邦联陆军准将。他被派往哈珀渡口，指挥托马斯·杰克逊上校指挥下集结的部队。

约翰斯顿的指挥部被称为“谢南多阿军队”，在7月的第一次布尔润战役中，他向东奔赴波托马克河，协助P.G.T.博雷德准将的军队。到达战场后，约翰斯顿的士兵帮助扭转了战局，确保了南方联盟的胜利。在战斗结束后的几周里，他协助设计了著名的南部邦联战旗，并于8月晋升为将军。尽管约翰斯顿的升职时间可以追溯到7月4日，但他对自己比塞缪尔·库珀、阿尔伯特·西德尼·约翰斯顿和李小感到愤怒。

半岛

作为离开美国军队的最高级别军官，约翰斯顿坚信自己应该是南方军的高级军官。在这一点上与现任南方联盟总统杰斐逊·戴维斯（Jefferson Davis）的争论进一步恶化了他们的关系，两人实际上在冲突的剩余时间成为了敌人。1862年春天，约翰斯顿指挥波托马克军队（后来是弗吉尼亚州北部的军队），向南移动，以应对乔治·麦克莱伦少将的半岛战役。约翰斯顿最初在约克敦阻挡了联邦军队，并在威廉斯堡作战，随后开始缓慢向西撤退。

接近里士满时，他被迫站稳脚跟，并于5月31日在七松树袭击了联邦军。尽管约翰斯顿阻止了麦克莱伦的前进，但他的肩膀和胸部受了重伤。被带到后方进行恢复，军队的指挥权交给了李。约翰斯顿因在里士满之前让步而受到批评，他是少数几个立即认识到邦联缺乏联邦的物质和人力的人之一，他努力保护这些有限的资产。因此，他在寻求保护军队和寻找有利阵地作战时，经常投降。

在西方

约翰斯顿从伤势中恢复过来，被授予西部部指挥权。从这个职位上，他监督了布拉格将军的田纳西军队和约翰·彭伯顿中将在维克斯堡的指挥部的行动。随着尤利西斯·S·格兰特少将发起反对维克斯堡的运动，约翰斯顿希望彭伯顿与他团结起来，以便他们的联合部队能够击败联邦军。这被戴维斯阻止，他希望彭伯顿留在维克斯堡防线内。由于缺少挑战格兰特的人，约翰斯顿被迫撤离杰克逊，允许占领和烧毁这座城市。

格兰特包围了维克斯堡，约翰斯顿回到杰克逊，并努力建立一支救援部队。7月初，他启程前往维克斯堡，得知该市已于7月4日投降。回到杰克逊身边后，他在那个月晚些时候被威廉·T·谢尔曼少将赶出了这座城市。那年秋天，在查塔努加战役中战败后，布拉格要求得到解脱。戴维斯不情愿地在12月任命约翰斯顿指挥田纳西州军队。约翰斯顿接掌指挥权后，受到戴维斯的压力，要求他进攻查塔努加，但由于缺乏补给，他未能这样做。

亚特兰大战役

约翰斯顿预计谢尔曼在查塔努加的联军将在春季对亚特兰大发起进攻，因此他在佐治亚州道尔顿建立了强大的防御阵地。谢尔曼在5月开始推进时，他避免了对邦联防御系统的直接攻击，而是开始了一系列的转弯机动，迫使约翰斯顿一个接一个地放弃阵地。约翰斯顿放弃空间换取时间，在雷萨卡和新希望教堂等地进行了一系列小型战斗。6月27日，他成功地阻止了联邦军在肯尼索山的大规模进攻，但再次看到谢尔曼在侧翼移动。7月17日，戴维斯被约翰·贝尔·胡德将军取代约翰斯顿，这一举动引起了争议。胡德极具侵略性，多次攻击谢尔曼，但在那年9月失去了亚特兰大。

最后战役

1865年初，随着南部邦联的命运日渐式微，戴维斯迫于压力，不得不给广受欢迎的约翰斯顿一个新的指挥权。他被任命领导南卡罗来纳州、佐治亚州和佛罗里达州以及北卡罗来纳州和南维吉尼亚州，几乎没有军队可以阻止谢尔曼从萨凡纳向北推进。3月底，约翰斯顿在本顿维尔战役中出其不意地袭击了谢尔曼的部分军队，但最终被迫撤退。4月9日，得知李在阿波马托克斯投降，约翰斯顿开始在北卡罗来纳州贝内特广场与谢尔曼进行投降谈判。经过广泛谈判，约翰斯顿于4月26日交出了他所在部门近9万名士兵。投降后，谢尔曼给了约翰斯顿挨饿的士兵十天的口粮，这一姿态邦联指挥官永远不会忘记。

晚年

战后，约翰斯顿在佐治亚州的萨凡纳定居，并追求各种商业利益。1877年回到弗吉尼亚，他在国会任职一届（1879-1881年），后来在克利夫兰政府担任铁路局长。1891年2月19日，他在谢尔曼的葬礼上担任抬棺人，批评他的同盟军将领同伴。尽管天气寒冷多雨，他还是拒绝戴帽子，以示对他倒下的对手和肺炎的尊重。经过数周的抗争，他于3月21日去世。约翰斯顿被安葬在马里兰州巴尔的摩的格林山公墓。