处方药和非处方药之间有许多不同之处，任何曾到急诊室或家庭医生处就诊的人都可以证明这一点。非处方药一般用于治疗小病，如消化不良、头痛或咳嗽，而处方药可用于治疗重大疾病，例如糖尿病、癌症或心脏病。非处方药的配方通常不像处方药那样强烈，尽管这并不一定反映出其有效性。

两种药品之间的一个区别是准入。只有合格和有执照的医疗专业人员才能为他们的病人订购处方药，而且只有合格的药剂师才能填补这些订单。然而，非处方药不需要医生的命令，而且许多非处方药可以在药店以外的地方购买。处方药是为特定病人准备的，在法律上不能与他人分享。然而，非处方药可以分给任何患有相同疾病的朋友、同事或家庭成员，只要遵循适当的剂量说明即可。

这两种药的另一个区别是配方。处方药通常被配制成治疗强度，以便医生提供积极的治疗。未经授权使用这些药物可能会导致悲剧，因为在病人接受药物治疗之前，需要考虑任何数量的药物相互作用。另一方面，非处方药一般都是按照食品和药物管理局（FDA）认为 "安全和有效 "的强度配制。如果正确遵循剂量说明，许多非处方药可以一起使用，而不必担心危险的相互作用或过量使用。

成本是许多药品之间的另一个区别。几乎所有的处方药配方都受到一定年限的专利法保护，这意味着负责创造处方药的药物公司可以对其独家药物进行相应定价。例如，只有一家药品制造商可以制造名为Ambien®的处方睡眠援助，尽管其他药品可能达到类似的目标。然而，大多数非处方药的配方不再是专有的秘密，所以一些公司可以生产阿司匹林或咳嗽糖浆，并在商店货架上并肩竞争。

许多保险计划也涵盖了处方药，这意味着患者只需支付少量的免赔额就可以享受昂贵的处方药的好处。非处方药很少被保险覆盖，这意味着消费者必须为这些药品支付整个市场价格。一些非处方药，特别是那些曾经只能通过处方获得的药物，可能会适度昂贵，尽管大多数治疗常规疾病的非处方药一般都很便宜。虽然处方药可能有也可能没有价格较低的仿制药，但由拜耳等知名公司生产的非处方药可能不得不与便宜的商店品牌或由不太知名的公司生产的类似药物竞争。