二本鎖キメラ蛍光染色（sybrグリーン）と加水分解プローブ(taqman)の違い
二本鎖キメラ蛍光染色（sybrグリーン）と加水分解プローブ(taqman)の違い
SYBR-Greenは**核酸染色色素を用いた方法であり、Taqmanは加水分解プローブを用いた方法である。SYBR-Green法は、SYBR-Greenという蛍光色素を使用し、得られた二本鎖DNAに色素が結合することで増幅を検出する方法である。Taqmanは二重標識プローブを用い、Taqポリメラーゼによるプローブの分解と蛍光体の遊離により増幅を検出する。ここがSYBR GreenとTaqmanの大きな違いです。
目次1. 概要と主な違い2. SYBR Greenとは3. Taqmanとは4. 並べて比較 - SYBR GreenとTaqman5. 概要
二本鎖キメラ蛍光染色（sybr green)は何ですか？
SYBR Greenは、分子生物学において核酸、特に二本鎖DNAを染色するために用いられる蛍光色素です。SYBR-Green法は、リアルタイムPCRの際にPCR産物の定量分析に使用されます。DNAと結合したDNA色素複合体は、青色の光を吸収し、強い緑色の光を放出する。これは、色素分子が二本鎖DNAに結合する際に起こる構造変化によるものである。PCRにより多くのDNAが生成されると、より多くの色素分子がDNAに結合し、より多くの蛍光を発するようになる。その結果、PCR産物の蓄積に伴い、蛍光強度が増加する。そのため、PCR産物の量はSYBR green蛍光アッセイを用いて定量することができる。
SYBR green dyeは、サイトメトリーや蛍光顕微鏡でのDNA標識にも使用できます。DNAをゲル電気泳動で表示する際に、発がん性色素として取り扱いに問題があった臭化エチジウムを、SYBR greenに置き換えることに成功しました。
SYBR-green法には一長一短があります。この方法は高感度、低コストで使いやすいのが特徴です。しかし、あらゆる二本鎖DNAに結合できるため、非特異的**結合により、PCR産物が過剰に定量される可能性がある。
図01：SYBRグリーン技術
加水分解プローブ(taqman)は何ですか？
Taqmanは、SYBR-Greenに代わるリアルタイムPCRアッセイです。この方法は、Taq ポリメラーゼ 5'-3' 核酸エキソヌクレアーゼ活性を利用して、ネオストランド伸長と蛍光体放出の際にプローブを分解するものである。この方法は、プローブの加水分解を利用したもので、二重標識されたプローブを使用します。プローブは、5'末端に蛍光レポーター分子（フルオロフォア）、3'末端にバースト分子を持つ蛍光標識DNAオリゴヌクレオチドである。taqポリメラーゼはプライマーにヌクレオチドを付加し、新しい鎖を二重標識プローブに向かって伸長させる。Taqポリメラーゼがプローブと出会うと、Taqポリメラーゼの核酸エキソヌクレアーゼ作用により、プローブが活性化され、分解される。新しい鎖の合成が完了すると、プローブは完全に分解され、蛍光物質が放出される。蛍光体が放出されることにより、蛍光を発する。蛍光バースト分子は放出された光を効果的に消光し、PCR産物を定量するために使用される出力を生成する。蛍光色素の放出は、PCR産物の量に比例する。そのため、Taqman法により容易に定量することができます。
図02：タクマン法
Taqman法は、リアルタイムPCR、遺伝子発現定量、遺伝子多型検出、染色体DNA欠失定量、細菌同定、マイクロアレイ解析バリデーション、SNPジェノタイピングなどに利用されています。
二本鎖キメラ蛍光染色（sybrグリーン）と加水分解プローブ(taqman)の違い
| サイバーグリーン vs タッカーマン | |
| SYBR Greenは、DNA結合色素をベースにしています。 | TaqmanはハイブリダイゼーションプローブとTaqポリメラーゼの5′-3′核酸エキソヌクレアーゼ活性に依存しています。 |
| 蛍光標識プローブ | |
| 蛍光標識プローブは必要ありません。 | ダブルマーカープローブが必要です。 |
| マルチプレックス遺伝子解析 | |
| 複数の遺伝子ターゲットに使用することはできません。 | 複数の遺伝子ターゲットに使用することができます。 |
| 費用 | |
| こっちの方が安い。 | こちらの方が高価です。 |
| テ**ン | |
| 低特異性**であり、あらゆる二本鎖DNAに結合することができる | プローブは特定の増幅産物を検出するため、高い特異性**があります。 |
| 効果 | |
| これはあまり効果的ではありません。 | これは非常に効果的です。 |
| アプリケーション | |
| リアルタイムPCR、アガロースゲル可視化、DNAラベル化などに。 | リアルタイムPCR、遺伝子発現定量、遺伝子多型検出などに使用されます。 |
概要 - 二本鎖キメラ蛍光染色（sybrグリーン） vs. 加水分解プローブ(taqman)
リアルタイム定量PCRには、TaqmanとSYBR-greenの2つの方法があります。どちらの方法もPCR産物の定量に有効で、蛍光発光に依存している。Taqman法は蓄積したDNAを検出するために二重標識プローブを使用し、SYBR-Green法は蛍光色素を使用する。また、この2つの方法は、分子生物学において異なる用途を持っています。
参考文献：1.Tajadini, ****-Hasan, Mojtaba Panjpur and Shagaya Hashjoy Jafanmal."Comparison of SYBR-Green and TaqMan methods for real-time quantitative polymerase chain reaction analysis of four adenosine receptor subtypes", Advanced Biomedical Research. mednow Publicati*** & Media Pvt Ltd., 2014.Web. 2017.3.13."Real-Time PCR Fundamentals," Real-Time PCR, Quantitative (qPCR), Primers and Principal Components: Primerdesign Ltd. n.p., N.d. website. 13 Mar. 2017."SYBR greenをはじめとするリアルタイムPCR用色素"Biocomparison. n, p., 5 Apr.Web. 2017.3.14.
- 2020-10-26 21:17 に公開
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- 分類：科学
