プローブとプライマーの違い

分子プローブとは、DNAやRNAの相補的な配列を認識し、標的配列を同定できる小さなDNAまたはRN**セグメントのことで、このプローブを使用すると、DNAまたはRNAの相補的な配列が同定できる。プライマーとは、DNA合成の起点となるDNAまたはRNAの小さな部分のことです。プライマーとプローブは、鋳型DNAまたは標的DNAの相補的なヌクレオチドにハイブリダイズする。しかし、プローブとプライマーの決定的な違いは、プライマーがDNAの複製に必要であるのに対し、プローブは試料DNA中の決定的な配列を検出するために必要なものであることだ**。

Contents1. 概要と主な違い2. プローブとは何か。プライマーとは4.比較 - プローブとプライマー5.まとめ

プローブ(探針)は何ですか？

プローブは、分子ハイブリダイゼーション技術を使用してサンプル中で検出される標的DNAまたはRNAの小さな断片である。分子マーカーとも呼ばれる。プローブの長さは様々（100～1000塩基）であり、プローブ核酸は標的配列の一部と相補的である。検出を容易にするために、プローブは放射性同位元素や蛍光色素、抗体で標識されている。プローブは標的配列の相補的塩基に結合し、試料中の標的DNAまたはRNAの存在を示す。プローブを標識する方法には、主にエンドラベリングとインシジョナルトランスレーションの2種類がある。プローブは、DNAプローブ、RNAプローブ、cDNaプローブ、合成オリゴヌクレオチドプローブに分類され、それぞれ異なる方法で調製される。

プローブは、ウイルス学、法医学病理学、父子鑑定、DNA指紋法、遺伝病検出、RFLP、分子細胞遺伝学、in situハイブリダイゼーション、その他多くの微生物学および分子生物学の分野で重要なツールとなっています。

図01：魚類病原体検出用蛍光標識プローブ

プライマー（下地処理剤）は何ですか？

プライマーとは、DNA合成の前段階となる短いDNAまたはRN**セグメントで、DNAポリメラーゼがプライマー配列の3'OH基にヌクレオチドを付加し、鋳型DNAと相補的な新しい鎖を合成するものである。プライマーは18〜20ヌクレオチドの非常に短い断片である。これらは、実験室で化学的に合成され、体外でのDNA増幅（PCR）に使用されます。プライマーは、ユーザーが設計するため、任意の塩基配列を持つことができます。鋳型となるDNAの相補的な塩基と一致するように合成される。そのため、任意の塩基配列を持つことができる。DNAポリメラーゼは、既存のDN**セグメントがなければ新しいDNAを合成することができないため、プライマーはDNA複製に不可欠である。PCRプライマーを設計する際には、以下の点を考慮する必要がある。

• プライマーは、増幅したいDNAの両末端に相補的なヌクレオチドが含まれている必要があります。
• プライマーの溶融温度は55～65℃であることが望ましい
• GとCの含有率は50％～60％であることが望ましい。

PCRでは、サンプルの正逆複製のために2本のDNAとしてプライマーを使用します。プライマーは、PCRやDNAシークエンシングを行うために一般的に使用されます。

図02：PCRにおけるプライマーのアニーリング

プローブとプライマーの違い

概要 - プローブ vs. プライマー

プローブとは、DNAまたはRNA配列の小さな断片のことで、相補的なヌクレオチドとハイブリダイズして、試料中の標的配列を検出することができる。プローブは、標的配列の存在を確認するために、放射性同位元素、免疫同位元素、蛍光同位元素で標識されています。プライマーとは、DNAまたはRN**の非常に小さな断片のことで、in vitroでのDNA増幅の出発点となる。 DNAポリメラーゼは、3'OHベースのプライマーを認識して、鋳型に相補的な新しい鎖の構築を開始する。プローブとプライマーは、相補的なヌクレオチドとのハイブリダイゼーションによって機能する。したがって、プローブとプライマーの重要な違いは、その主たる機能である。

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