consistent PCRとpan PCRの重要な違いは、consistent PCRが常に保護された領域を対象とするのに対し、pan PCRは一連の異なる株を同定するために可変領域を対象とする点である

ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）は、主に変性、アニーリング、伸長の3つのステップからなる遺伝子増幅技術である。診断や分子同定のために広く利用されています。一貫したPCRとPan-PCRの技術は、それぞれのPCRタイプに使用されるプライマーターターゲットに基づきます。

カタログ

1. 概要と主な相違点 2. コンセンサスPCRとは 3. Pan-PCRとは 4. コンセンサスPCRとPan-PCRの類似点 5. 横並びの比較-表形式でのコンセンサスPCRとPan PCR 6. まとめ

Consistency pcr (c***ensus pcr) （コンシステンシー・ピーシーアールは何ですか？

Consistent PCRは、特定の種や属の保存された領域をターゲットとするPCR技術である。そのため、保存性の高い領域が選択され、増幅される。この方法では、生物の一貫性に基づいて同定・識別を行うことができます。この方法では、種特異的な保存領域を同定することができます。例えば、バクテリアの16srrna領域は、バクテリアの間で保存された領域として残っています。そのため、増幅に必要なプライマーは1セットのみです。多くの場合、ユニバーサルプライマーを保存領域専用に使用することができる。

図01：PCR法

一貫したPCR法を用いることで、種の特徴や進化的な関係を推測することができます。また、特定のサンプル生物の集団に対する整合性は、その生物の増幅効率に基づいて推測することができる。さらに、系統学的な研究においては、一貫したPCRを行うことが不可欠である。種の同定や、特定の生物に対する共通祖先の逸脱の解釈が可能になる。

パンポリメラーゼ連鎖反応（パンpcr）は何ですか？

Pan-PCRは、PCRの多重化モードである。この手法では、異なる株は異なるプライマーターターゲットを用いて増幅される。ただし、ターゲットは菌株群に共通することもある。そのため、Pan-PCRでは、一度に2つ以上のプライマー群を使用することができます。単管式反応法でも多管式反応法でも発生します。従来のPCRと比較すると、Pan-PCRはより時間がかかり、複雑です。そのため、PCR結果の解釈もPan-PCRではより複雑になる可能性がある。

Pan-PCRは、主に分子診断学で使用されます。Pan-PCRは、病気を引き起こす1つの種の異なる株を識別するのに最適な技術です。ほとんどの場合、Pan-PCRは様々な健康状態において自動化され、信頼性が高く効率的な技術であることが重要です。

Consistency pcr (c***ensus pcr) （コンシステンシー・ピーシーアールとパンポリメラーゼ連鎖反応（パンpcr）の共通点

• PCRの手法としてShared PCRとPan-PCRがある。
• どちらの方法も、変性、アニーリング、伸張という一般的な3ステップの手順で行われる。
• 標的特異的な**プライマーを使用します。
• どちらの反応もサーマルサイクラー内で行われます。
• これらの反応は自動化することが可能です。
• どちらの方法も分子生物学的な診断や同定に用いることができるが、その精度は様々である。
• これらの手順を検証する必要があります。

Consistency pcr (c***ensus pcr) （コンシステンシー・ピーシーアールとパンポリメラーゼ連鎖反応（パンpcr）の違い

コンセンサスもパンPCRも同じルーチンの手順に従います。しかし、Consistency PCRとPan-PCRの重要な違いは、それぞれの手順で使用するプライマーターゲットに基づくものである。Consistency PCRが常に保存された領域をターゲットとするのに対し、Pan-PCRは可変領域をターゲットとし、異なる株のセットを識別する。その結果、プライマー設計の選択肢、使用するプライマーの数、具体的なアプリケーションは様々である。

以下のインフォグラフィックは、Consistency PCRとPan PCRの違いをまとめたものである。

概要 - Consistency pcr (c***ensus pcr) （コンシステンシー・ピーシーアール vs. パンポリメラーゼ連鎖反応（パンpcr）

Mulliが提唱したPCR法は画期的であり、分子生物学的な応用において重要である。Shared PCRとPan-PCRは、プライマーの標的領域に基づくPCR法である。コンセンサスPCRが保存領域を対象とするのに対し、Pan-PCRは可変領域を対象とし、菌株の同定に重要な役割を担っている。シェアードPCRとPan-PCRの根本的な違いにより、それぞれのPCRの具体的な機能は、系統解析、分子同定、分子診断と様々である。

引用

1Merkelbach Bruse, S et al."Shared polymerase chain reaction and enzyme-linked immunosorbent assay for detection and typing of human **tumorigenic virus in cervical specimens", Diagnostic Molecular Pathology: American Journal of Surgical Pathology, Part B, US National Library of Medicine, March 1999, 2Yang, Joy Y et al.全ゲノム配列データに基づく細菌タイピング解析設計のための計算手法「Pan PCR」、Journal of Clinical Microbiology、米国微生物学会、2013年3月。