層別バードショットシーケンスと全ゲノムバードショットシーケンスの大きな違いは、層別バードショットシーケンスではゲノムを大きなセグメントに分割してからシーケンシングするのに対し、全ゲノムバードショットシーケンスではゲノム全体を小さなセグメントに分割してシーケンシングすることである。

シーケンシングは、分子プロセス、特に種の正確な同定において重要な技術である。実は、遺伝子やゲノムの塩基配列の正確な順番を特定するための技術なのです。シーケンサーには様々な手法があります。これには、Maxam-Gilbert法、Sanger法、自動Sanger法などがある。

カタログ

1. 概要と主な相違点 2. Stratified*** シーケンスとは 3. 全ゲノムBirdshot シーケンスとは 4. Stratified と全ゲノムBirdshot シーケンスの類似点 5. 並べて比較 - 表形式でのStratifiedと全ゲノムBirdshotシーケンス 6. まとめ

階層型ショットガンシーケンスは何ですか？

Hierarchical** Gun Sequencingは、シーケンシングの手法の一つです。トップダウンシークエンス」とも呼ばれる。また、この方法は、第1ステップでゲノムを増幅し、第2ステップでゲノムを断片化する2つのステップで構成されています。この方法では、まずゲノムを大きなセグメントに切り分けます。これらの大きな断片は、ベクターや人工染色体を用いて異なる宿主にクローン化される。これらの組換えベクターは、ライブラリにアラインメントされます。組換えベクタークローンは、バードショットシークエンス工程で別々に配列決定されます。クローン内の断片は制限消化を行い、さらにゲノムサイズを小さくして塩基配列を決定します。

図01：階層型***ソート

階層型**ガンシーケンスでは、**ガンシーケンス前に大きなフラグメントを順番に並べる必要があります。これは、クローニングの過程で結合される分子マーカーの助けを借りて行われる。

階層型バードショットシーケンスにより、低解像度の遺伝子マップを作成。ただし、順序付きシーケンスマップが作成されます。その結果、ダイレクトシークエンスよりも時間がかかる。組換えベクターライブラリーの作成により、全体の工程が遅れている。また、労働集約的な技術でもある。しかし現在は、この技術を自動化して作業を簡略化しています。

全ゲノムショットガンシーケンスは何ですか？

全ゲノムバードショットシーケンスは、1ステップのシークエンスプロセスです。このプロセスでは、まず全ゲノムをせん断する。次に、この小さな断片の一つひとつをランダムに配列決定する。配列決定が完了すると、配列解析が行われる。配列解析では、重複する配列は削除され、解析は順序通りには行われない。その結果、配列の組み立ては、階層型***配列決定よりも効率が悪くなります。しかし、全ゲノムバードショットシーケンスは、より迅速な処理が可能で、全ゲノムの解析を一度に行うことができる。

階層型と全ゲノムショットガンシーケンス (WGS)の共通点

• シークエンス手法には、Hierarchical SequencingとWhole Genome Birdshot Sequencingがあります。
• いずれの方法も、サンガーシークエンス法または自動サンガーシークエンス法が対象となります。
• DNAやRN**セグメントの塩基配列の解読に携わっている。
• また、両手法は分子診断や研究目的にも重要である。
• 現在、どちらの技術も自動化またはコンピュータ化されています。
• どちらの手法もゲノムの断片化に依存している。

階層型とホールゲノムショットガンシーケンス (WGS)の違い

階層型バードショットシーケンスでは、小さな配列断片しか扱わない全ゲノムバードショットシーケンスと比較して、より大きなサイズの断片が生成されます。これが層別化と全ゲノムバードショットシーケンスの重要な違いなんですね。また、階層型バードショットシーケンスでは2つの主要なステップが必要ですが、全ゲノムバードショットシーケンスでは1つの主要なステップに依存します。

さらに、層別バードショットシーケンスと全ゲノムバードショットシーケンスのもう一つの違いは、層別バードショットシーケンスと比較して全ゲノムバードショットシーケンスの方が高解像度であることです。

以下のインフォグラフィックは、層別化と全ゲノムバードショットシーケンスの違いをまとめたものです。

概要 - 階層型 vs. 全ゲノムショットガンシーケンス (WGS)

大規模なゲノム解読技術として、Hierarchical Sequencingと全ゲノムBirdshot Sequencingがある。階層型バードショットシーケンスは、ゲノムをより大きな断片に分割していく2段階のシーケンスプロセスである。一方、全ゲノムバードショットシーケンスは、ゲノムを小さな断片に分割して直接塩基配列を決定するシングルステップのシーケンシングプロセスである。したがって、これが階層型シーケンサーと全ゲノムバードショットシーケンサーの重要な違いである。また、技術的な面でも両者で異なる場合があります。

引用

1Waterston, Robert H et al.ヒトゲノムの塩基配列決定、Proceedings of the National Academy of Sciences、2002年3月19日、こちらで入手可能。男、シータ。"Genome Sequencing," LinkedIn SlideShare, 4 November 2014, available here.2Mate, Sheeta."Genome Sequencing," LinkedIn SlideShare, 4 November 2014.