主要區別
分支結構樹與系統發育樹的主要區別在於，分支結構樹是一種以相同距離劃分的圖，顯示了一個分支集合之間的聯絡，而系統發生樹是一種進化樹，顯示了對系統發育的估計，其中每個分支的空間與伴隨的進化變化量有關。
枝角樹(cladogram tree) vs. 系統發育樹(phylogenetic tree)
分支圖樹被認為是一個有分支的圖，它顯示了一組分支之間的關係。另一方面，系統發育樹被認為是一個分支圖，它顯示了許多生物物種之間的偶然聯絡，這些物種通常基於不同和相似性以及遺傳物質。分支圖樹的目的是它的形狀顯示了許多生物群之間的聯絡，而在系統進化樹中，分支之間的距離依賴於間接進化變化的數量。
遺傳距離或進化時間不是用分支圖樹來表示的，而生物群與進化過程之間的遺傳距離用系統發育樹來表示。一個關於真實進化史的假設是用分支圖樹來表示的；然而，系統進化樹在某種程度上給出了真實的進化史。
分支圖樹主要基於待顯示生物的形態特徵；相反，系統發育樹不僅基於生物的某些形態特徵，還基於待描述生物的遺傳關係。分支圖樹是由等長的分支組成的，這種分支長度並不代表進化距離，而在系統進化樹中，分枝距離表示進化距離。
在分離生物類群時，分支圖樹並不表示進化時間的長短；在另一方面，系統發育樹顯示了區分生物類群時的進化變化量。
比較圖
什麼是枝角樹(a cladogram tree)？
分支圖樹被稱為分支圖，在分支學中用來說明分支群之間的進化關係。一個分支被稱為有機體的集合，它完全由一個共同祖先的進化後代組成。
一組有機體的進化變化量不是用枝角圖樹來描述的，也沒有指明遺傳距離或進化時間。分支結構樹的每個分支都以一個分支結束，並從最後一個公共的前置分支開始。枝角圖樹主要是建立在特定生物的一些形態特徵上。
分支圖樹是由相等長度的分支組成的，而這個分支長度並不能說明進化的距離。分支圖樹並不表示在分離生物類群時的進化時間。枝形圖是用線畫出來的，是一個樹形圖。在分支圖中，節點象徵著兩個群體從共同的祖先中分離出來。
什麼是系統發育樹(a phylogenetic tree)？
系統發育樹是一種進化樹和分枝圖，主要描述許多生物有機體之間的間接關係。在系統進化樹中，分支之間的空間通常顯示了偶然進化修改的程度。
許多特徵，如內部解剖，外部形態，行為，DNA和蛋白質序列，生化途徑，以及化石的證據，是最重要的用來建立一個系統發育樹。系統進化樹在某種程度上給出了真實的進化史，但它們並不總是正確的。DNA測序所提供的資訊提高了樹中關聯的可靠性。
在進化生物學中，系統發育研究對於解決許多難題更為有用，例如，病毒感染的傳播、物種與其起源的關係、物種的遷移模式，分子生物學方法的先進水平已經幫助許多生物學家計算出生物之間的系統發育關係，涉及到生物體的進化改造。
與分支圖相比，系統發生樹在以一種關於其後代和進化的有意義的方式討論有機體之間的聯絡時包含了更多的意義。系統發生樹通常被描繪成類似於分支樹圖，其中分支距離與分支圖對比時的進化距離。
主要區別
- 分支圖樹不是進化樹，因為它不顯示進化關係；相反，它是一個圖表，顯示來自相同距離的分支，並顯示一組分支之間的關係；另一方面，系統發生樹被稱為進化樹，因為它顯示了進化關係它顯示了許多生物有機體之間的偶然聯絡，這些生物有機體通常是基於差異、相似性和遺傳物質。
- 分支圖樹只對進化的實際歷史給出了一些假設；相反，系統發育樹沒有給出任何假設，但它在一定程度上代表了進化史。
- 描述生物的形態特徵是分支圖樹的主要基礎，而在分支圖樹的另一方面，描述生物的形態特徵和遺傳關係是系統發育樹的基礎。
- 生物類群之間的聯絡可以透過分支圖樹的形狀來表示；另一方面，系統發育樹中分支的長度取決於偶然進化變化的程度。
結論
以上討論得出結論，分支圖樹是基於假設圖，而系統發育樹是建立在有機體之間的遺傳相互作用基礎上的。
