BLAST和FASTA是生物信息学工具[i]，用于比较蛋白质和DNA序列的相似性，这些相似性主要来源于普通遗传学。两个程序都使用评分策略对序列进行比较，产生高度准确的结果。

在分子生物学中，对两个序列进行比较以评估其结构和功能，从而确定序列是否相关。

序列是连接的核苷酸或氨基酸残基的集合。DNA序列由连接的核苷酸组成，蛋白质序列由氨基酸组成。

测序确定DNA序列中的核苷酸序列或蛋白质中的氨基酸序列。国家生物技术信息研究中心（NCBI）等机构提供了几种方法，在那里可以搜索序列的沉积物。

局部和全局序列比对

序列比对是序列比较，是生物信息学的基础。该序列描述DNA或蛋白质，以发现相似性，以及两个序列之间的任何结构和功能关系。

对齐通过将查询序列与数据库中的序列进行比较来发现相似性。该算法通过分配分数来找到对齐，相似度越大，两个序列具有结构或功能关系的机会就越大。

序列比对的两种主要方法：

• 局部比对发现具有高度相似性的局部区域，并在两个核苷酸或氨基酸序列之间执行比对以识别结构或功能相似性。
• 从序列的开始到结束执行全局对齐，以找到最佳对齐。

局部和全局对齐使用不同的算法和分数矩阵。

评分矩阵为匹配指定正值/或更高值，为不匹配指定负值或更低值。

在查询序列和序列数据库（例如NCBI）之间运行相似性搜索，并且序列中检测到的基因与数据库中保留的相似序列相匹配。

爆炸

BLAST是一个缩写，代表基本的局部对齐搜索工具，它使用局部序列对齐搜索。

它是一种用于比较生物序列的算法，主要用于蛋白质搜索，是生物信息学中一种众所周知且广泛使用的工具。它能够通过计算期望值，然后估计两个序列的匹配量，准确（并且非常快速）地识别两个局部序列比对之间的相似性。

蛋白质（most）与蛋白质内的功能和结构序列模块化。相同的序列可能出现在不同物种的蛋白质中，BLAST旨在发现这些相似的序列。

例如，比较大鼠和豚鼠之间的胰岛素蛋白质（氨基酸）序列，两种蛋白质序列对齐以找到两者之间的相似性百分比。

随着时间的推移，BLAST也进行了调整，产生了几种不同的搜索，即megaBLAST、BLASTN、BLASTP（其他BLAST类型的基础，如BLASTX和TBLASTN）、PSI-BLAST、RPSBLAST和DELTA-BLAST搜索。

BLAST算法读取查询搜索参数，搜索数据库，并生成一组用于启动匹配序列的模式。当扫描模式匹配项时，数据库中的每个序列都会发生若干操作，这将启动具有特定分数的无间隙扩展。

“gap”表示可能已从序列中删除氨基酸残基或插入第二个序列的一个或多个残基。保存获得最小分数的有间隙扩展。如果出现太多的比赛，得分较低的比赛可能会被取消。最后，在最后一个阶段（称为回溯），使用敏感参数计算插入和删除。

法斯塔

FASTA是一个DNA序列比对软件包，它也首先使用局部序列，然后扩展到全局比对，最适合用于核苷酸搜索（DNA比较）。

FASTA用于搜索DNA序列之间的相似性，在相似性搜索方面受到高度重视。FASTA格式一直存在于生物信息学中，是BLAST等其他工具广泛使用的输入格式。

查询序列被组织成序列模式（k元组）。搜索目标序列以查找这些k元组和任何相似性。流行的观点是，首先运行BLAST搜索，然后运行FASTA来进行完整搜索。

FASTA文件格式被广泛用作其他序列对齐工具（如BLAST）的输入方法。

BLAST和FAST的估计非常可靠，但在极少数情况下，估计确实失败。当发生意外的比对时，科学家应该注意其重要性，并采取进一步的步骤来分析和使用原始序列的变化进行额外的搜索。