虽然控制腹泻症状的方法多种多样，但最常见的慢性腹泻治疗方法包括消除已知会引起刺激的食物。控制腹痛和腹泻的其他选择是益生菌治疗和止泻药物。如果慢性腹泻是由肠易激综合征（IBS）引起的，某些处方药可以帮助缓解这个问题。预防脱水是经常腹泻患者的首要任务。

慢性腹泻治疗的一个基本因素通常包括快速补充液体以避免脱水。含有电解质溶液的运动饮料和果汁可以治疗腹泻相关症状。镁、钾、钠、氯和钙在频繁腹泻时会丢失，找到有效的方法补充这些矿物质对恢复至关重要。这对于儿童腹泻和老年腹泻病例尤为重要。。

许多人发现，治疗慢性腹泻的有效方法是定期摄入益生菌。这可以是补充形式，也可以是含有活菌和活性菌的食品，如酸奶。一些患有肠易激综合征和克罗恩病的患者发现，益生菌疗法有助于维持消化道的平衡，并有助于控制各种疾病引起的腹泻和突发症状。

有些人通过使用非处方药（OTC）来缓解腹泻，这种药被称为抗腹泻药。然而，这些药物用于偶尔的腹泻，不推荐用于慢性腹泻治疗。如果存在感染，尤其如此，这可能需要不同的治疗。

另一种治疗慢性腹泻的方法是遵循所谓的BRAT饮食法，这种方法在发作期间会有所帮助。这仅仅意味着，食用香蕉、大米、苹果酱和干吐司等平淡的饮食可以加速愈合，减缓持续腹泻的症状。避免油炸或高脂肪食物会使肠道恢复健康。消除乳制品也有助于控制症状。

结肠清洁是另一种慢性腹泻治疗方法。这种方法的工作原理是排出胃肠系统中的有害毒素和细菌。虽然许多人认为这对治疗慢性腹泻极为有益，但一些专家不赞成结肠清洁，并认为这种效果可能对某些人有害。在接受任何不熟悉的治疗之前，始终建议咨询医生。