covid-19測試的一個怪癖可以追蹤新的冠狀病毒變種
美國衛生官員或許可以利用一種僥倖的COVID-19檢測來監測一種傳染性更強的病毒的傳播，這是本週在美國首次發現的。這種變異正在英國廣泛傳播，目前已在十幾個國家發現，其中包括美國。
專家們不認為冠狀病毒變種比其他形式的病毒更致命，而且已經研製的疫苗應該仍然可以抵禦新的病毒株。但這種變異似乎更容易傳播，不受控制的疫情將更快地淹沒醫院。
到目前為止，在美國發現了兩例COVID-19患者，一例在科羅拉多州，一例在加利福尼亞州。科羅拉多州衛生官員說，這名科羅拉多州患者沒有出國旅行，這表明該變種可能在現在之前就已經傳播，而且它可能已經在該國站穩了腳跟。與英國不同的是，美國很少對來自COVID-19患者的病毒樣本進行分析，以檢查其突變和變異，這就是為什麼到目前為止可能還沒有被發現的原因。
在缺乏廣泛的病毒分析的情況下，官員們也許能夠透過標準的COVID-19檢測來追蹤這種被稱為B.1.1.7的變種。倫敦弗朗西斯·克里克研究所的遺傳學家西奧·桑德森（Theo Sanderson）說：“這是一件偶然的事情，而不是我們打算髮生的事情。”。
最典型的，基於基因的COVID-19測試是透過在從病人身上採集的唾液和粘液拭子中尋找冠狀病毒遺傳物質的證據來進行的。這種病毒有很長的基因組，測試並沒有尋找整個過程的證據。相反，他們通常搜尋兩個或三個部分。
在一些COVID-19測試中，其中一個片段位於冠狀病毒S基因上，該基因編碼病毒的刺突蛋白，使病毒與細胞結合。這也是新變種中一個突變發生的基因。如果一個病人感染了一種帶有這種特定突變的病毒，這種基於這種基因的非突變形式設計的測試將無法看到變異版本。由於測試仍然能夠看到病毒的其他部分，它仍然會返回陽性-只是沒有S基因。研究人員稱之為S基因缺失。
在英國，專家們已經能夠利用S基因缺失作為衡量在英國不同地區傳播的冠狀病毒變種數量的非官方手段。“這是非常有用的，”桑德森說。
這並不是一個完美的指標：s基因的突變也出現在其他不具有B.1.1.7特徵的變體中。並不是每一個在測試中標記的S基因缺失都是B.1.1.7病毒，但是英國的研究人員已經設法解開了這些資料，並計算出有多少S基因從新變種中缺失。隨著B.1.1.7變異體感染率的增加，S基因的丟失率也越來越接近於B.1.1.7變異體。
美國的一些實驗室開始採用這一策略。科羅拉多州和加利福尼亞州的變異病例都是在實驗室標記有S基因缺失的COVID-19檢測結果進行全面分析後發現的。
總部位於加州的基因公司Helix進行COVID-19檢測，也在分析他們的樣本，尋找S基因缺失的證據。今年10月，Helix研究小組發現0.25%的測試有S基因缺失，12月初這一比例上升到0.5%左右。（在英國的一些地區，超過75%的測試顯示了這種模式。）
根據這些資料，這種變異在美國可能仍然很少見。桑德森說：“你可以在某種程度上給B.1.1.7的數量設定一個上限，因為如果你沒有看到退出的人，那麼你就知道B.1.1.7不存在了。”。
Helix的聯合創始人兼總裁jameslu說，Helix正計劃對其病毒樣本進行分析，以檢測B.1.1.7變種。“我們仍在確定S基因缺失樣本和B.1.1.7變異樣本之間的相關性百分比。我們希望從排序中瞭解代理的強大程度，”他在發給《邊緣》的一封電子郵件中寫道。
如果證明兩者之間有很強的關係，Helix將定期跟蹤S基因的退出率，Lu說。
桑德森說，要注意的關鍵是某一特定區域S基因缺失量的急劇增加；這是英國新變異正在廣泛傳播的跡象。他說：“若你們在美國某些特定地區看到這種情況，那個將非常令人擔憂。”。
理想的情況是，美國將擴大病毒分析規模，以便更密切地跟蹤B.1.1.7變種的傳播，並標記出現的任**變種。桑德森說：“基因組監測總是會更好。”。但他說，如果沒有，監測S基因的缺失可能是一個良好的開端。“有更多的資料總是有用的。”
美國東部時間12月30日下午5:01更新：加州案件資訊更新。
- 發表於 2021-04-17 05:24
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