基因组注释用它所包含的遗传数据的信息来标记基因组的各个部分。这是基因组项目过程的一部分，其目标不仅仅是对目标生物体的DNA进行测序，而是要了解它的作用和功能。研究人员可以在他们的实验室里进行注释，并可以与其他科学家分享数据，以汇集资源和信息。有向公众开放的在线数据库，一些数据库还允许公众成员提交他们自己的注释。

基因组注释的第一步是测序，研究人员确定生物体DNA中氨基酸的顺序。对整个基因组进行测序需要很长的时间，科学家们通常在基因组被解码之前就开始注释。有了一段测序的DNA，研究人员就可以开始注释了。科学家们可以注意到基因开始和停止的地方，注意含有基因组功能信息的独特的DNA串。

计算机能够自己进行一些基因组注释。它们可以寻找已知的模式，如出现在基因开头和结尾的氨基酸串。在自动注释中，计算机可以在一串DNA的不同部分添加注释，以提供关于它的信息。也可以比较来自不同生物体的片段，寻找可能提供关于整个物种的重要信息的差异。

人工基因组注释涉及物理审查DNA。许多研究人员使用计算机来显示信息并进行标记，使他们能够在工作中把信息输入数据库。在某些情况下，自动注释后可能需要进行人工审查，以确保计算机得到正确的信息。这可能是一个艰苦的过程，而且确实会发生错误，这也是研究人员喜欢汇集数据库的原因之一。如果一个注释与同一段DNA上的其他注释不一致，人们可以评估信息以确定发生了什么，并修复错误。

在基因组注释过程中，并不总是能够确定一个基因的作用。科学家们可以标记基因，并将它们与基因组的其他组成部分分开，如非编码DNA如重复序列。当人们对基因组的不同部分提出理论时，这些信息可以在研究中使用。他们可以在注释中添加注释，以指出一个基因的功能。