关键区别-外显子组与rna测序
核酸测序是一种技术,它决定了一个有机体的特定DNA或RN**段中核苷酸的顺序。测序在识别细胞的DNA和RNA组成以及区分编码功能蛋白的某些基因方面非常重要;因此,测序可以用来理解这些基因和基因表达的突变。桑格测序法或更先进的下一代测序方法是常用的测序方法。外显子测序是对生物体内存在的一整套外显子或编码DNA区域的测序,而RNA测序是核糖核酸(RNA)的测序过程。这是外显子组和RNA测序的关键区别。
目录
1. 概述和主要区别
2. 什么是外显子测序
3. 什么是RNA测序
4. 外显子组与RNA测序的相似性
5. 并列比较-外显子组与RNA序列表格式
6. 摘要
什么是外显子组测序(exome sequencing)?
外显子组是由特定生物体的编码基因组成的基因组的一个子集。编码基因被命名为外显子,被转录成mRNA,然后翻译成氨基酸序列。在转录后修饰过程中,真核生物的RNA剪接机制去除了内含子(非编码区),而外显子则保留下来。外显子组测序主要有两种技术:基于解的和基于阵列的。
在基于溶液的外显子组测序中,DNA样品通过限制性内切酶或机械方法破碎并通过热变性。在这项技术中,生物素化寡核苷酸探针(baits)被用来选择性地与基因组中的靶区杂交。结合步骤使用磁性链霉亲和素珠。绑定之后是一个清洗步骤,其中未绑定和非目标序列被冲走。然后用聚合酶链反应(PCR)扩增结合靶点,然后用Sanger测序或下一代测序技术进行测序。
基于阵列的方法也类似于基于溶液的方法,只是DN**段被捕获到一个微阵列中,然后在测序之前进行结合和洗涤步骤。
外显子组测序被广泛应用于疾病的遗传诊断、基因治疗、识别新的遗传标记、农业中鉴定各种有益的农艺性状和植物育种过程。
什么是rna测序(rna sequencing)?
RNA测序是以转录组为基础的,转录组是细胞的完整转录物。RNA测序的关键目标是对转录物的所有种类进行分类,包括mRNA、非编码RNA和小RNA,以确定基因的转录结构并量化发育过程中每个转录物的表达水平。在RNA测序过程中,最初使用杂交技术(从成熟的mRNA序列中衍生出互补DNA)进行测序。目前,RNA测序采用了一种更为精确和先进的穿透技术。
在RNA测序中,RNA样品可以是总RNA,也可以是分馏RNA,通过反转录将其转化为互补DNA(cDNA),并建立cDNA文库。每一个cDN**段在两侧(双端测序)或单侧(单端测序)与接合器相连。这些标记序列是通过Sanger测序或下一代测序,如外显子测序。
外显子(exome)和rna测序(rna sequencing)的共同点
- 短片段或全套DNA/RNA可用于外显子或RNA测序。
- 序列片段保存在库中。
- 可以使用桑格测序或下一代测序。
- 两者都是体外测序方法。
- 测序片段可由荧光标记确定。
外显子(exome)和rna测序(rna sequencing)的区别
外显子与RNA测序 | |
外显子测序是对生物体内存在的一整套外显子或编码DNA区域的测序。 | RNA测序是指核糖核酸(RNA)的测序程序;转录组。 |
起始样品 | |
基因组DNA是外显子组测序的起始样本。 | RNA是RNA测序的开始。 |
组成 | |
它只包含DNA的编码区,即外显子 | 它包含RNA mRNA/转录组。 |
排序 | |
外显子组测序主要有两种方法:基于解决方案的方法和基于阵列的技术。 | RNA测序是通过提取总RNA或片段RNA制备cDNA文库来完成的。 |
总结 - 外显子(exome) vs. rna测序(rna sequencing)
外显子组是生物体内完整的编码区,决定外显子精确核苷酸顺序的技术称为外显子组测序。RNA测序是测定生物体RNA核苷酸序列的技术。这就是外显子组和RNA测序的区别。
下载外显子vs rna测序的pdf版本
你可以下载这篇文章的PDF版本,并按照引文说明离线使用。请在这里下载PDF版本外显子和RNA测序的区别
引用
1.王忠等。“RNA序列:转录组学的革命性工具”,《自然评论》。遗传学,美国国家医学图书馆,2009年1月,可在这里查阅。2017年9月3日查阅。2.Warr,Amanda等人。“外显子组测序:当前和未来前景。”G3:基因|基因组|遗传学,美国遗传学学会,2015年8月,可在这里查阅。2017年9月3日访问。
2.沃尔、阿曼达等。“外显子组测序:当前和未来前景”,G3:基因|基因组|遗传学,美国遗传学学会,2015年8月,