第二次世界大战期间，美国和日本在互相造成毁灭性伤亡后，得以结成强大的战后外交联盟。美国国务院仍然将美日关系称为“美国在亚洲安全利益的基石和……地区稳定与繁荣的基础”

第二次世界大战的太平洋半期始于1941年12月7日日本对夏威夷珍珠港美国海军基地的袭击，结束于几乎四年后，1945年9月2日日本向美国领导的盟国投降。投降是在美国向日本投下两颗原子弹之后发生的。日本在战争中损失了大约300万人。

战后直接关系

胜利的盟国将日本置于国际控制之下。美国将军道格拉斯·麦克阿瑟是日本重建的最高指挥官。重建的目标是民主自治、经济稳定以及日本与国际社会的和平共处。

战后，美国允许日本保留其天皇裕仁。然而，裕仁不得不放弃他的神性，公开支持日本的新宪法。

日本经美国批准的宪法赋予其公民充分的自由，建立了国会或“国会”，并宣布放弃日本发动战争的能力。

这一条款，即宪法第9条，显然是美国对战争的授权和反应。上面写着：“日本人民真诚地渴望建立在正义和秩序基础上的国际和平，永远放弃战争作为国家主权，放弃以武力威胁或使用武力作为解决国际争端的手段。

“为了实现前款的目的，陆、海、空军以及其他潜在的战争力量将永远无法维持。国家的交战权将不被承认。”

日本战后宪法于1947年5月3日正式生效，日本公民选出了新的立法机构。美国和其他盟国在旧金山签署了和平条约，正式结束了1951战争。

担保协议

由于宪法不允许日本自卫，美国不得不承担这一责任。冷战中的共产主义威胁是非常真实的，美国军队已经把日本作为打击共产主义侵略朝鲜的基地。因此，美国策划了与日本的一系列安全协议中的第一个。

与《旧金山条约》同时，日本和美国签署了他们的第一个安全条约。在该条约中，日本允许美国将陆、海、空军人员驻扎在日本进行防御。

1954年，国会开始组建日本陆、空、海自卫队。由于宪法限制，JDSF基本上是当地警察部队的一部分。尽管如此，他们已经完成了与美国军队在中东的任务，作为反恐战争的一部分。​

美国还开始将部分日本岛屿归还日本，以进行领土控制。它逐渐地这样做了，1953年归还了琉球群岛的一部分，1968年归还了博宁群岛，1972年归还了冲绳群岛。

相互合作与安全条约

1960年，美国和日本签署了《相互合作与安全条约》。该条约允许美国在日本驻军。

1995年和2008年美国军人强奸日本儿童的事件引发了要求减少驻冲绳美军人数的强烈呼声。2009年，美国国务卿希拉里·克林顿和日本外相中曾根弘文签署了《关岛国际协定》（GIA）。该协议要求将8000名美军转移到关岛的一个基地。

安全协商会议

2011年，克林顿和美国国防部长罗伯特·盖茨会见了日本代表，重申了美日军事同盟。国务院称，安全磋商会议“概述了地区和全球共同战略目标，并强调了加强安全和防务合作的途径。”

其他全球倡议

美国和日本都属于各种全球组织，包括联合国、世界贸易组织、G20、世界银行、国际货币基金组织和亚太经济合作组织（APEC）。双方在艾滋病毒/艾滋病和全球变暖等问题上进行了合作。