医生推荐给婴儿的最早疫苗之一是轮状病毒疫苗。轮状病毒是婴幼儿严重腹泻的最常见原因，几乎所有儿童都会在五岁时感染。然而，轮状病毒引起的脱水和电解质失衡在非常年轻的人中可能是最有问题的，建议从6到12周龄开始接种轮状病毒疫苗。然后每隔大约八周再服用两剂。轮状病毒疫苗不应在6周前或32周后接种。。

美国疾病控制中心（CDC）表示，轮状病毒在美国每年造成20至60人死亡，在全世界造成50万人死亡。死亡人数的惊人差异主要是由于不卫生的条件、缺乏可用的常规医疗以及不发达国家治疗脱水的资源不足。

轮状病毒疫苗提供的免疫持续时间未知。尽管专家指出，第二季的疫苗效力低于第一季，但据信至少持续两个轮状病毒季节，其中病毒最常在寒冷天气中感染。在给予所有三剂疫苗后，轮状病毒疫苗对任何轮状病毒感染的有效性估计为74%，对严重感染的有效性估计为98%。

第一种轮状病毒疫苗Rotashield于1998年8月获得许可，但由于疫苗与接受疫苗的婴儿肠套叠或肠梗阻有关，第二年被撤回。RotaTeq后来于2006年获得许可，尽管肠套叠的报告没有超过CDC的预期数量，但这种轮状病毒疫苗也贴上了警告标签，提醒人们注意肠梗阻的迹象。对于免疫系统减弱或有胃肠道疾病病史的婴儿，目前尚无该疫苗的安全性数据。。

轮状病毒疫苗更常见的副作用包括腹泻和呕吐，影响高达24%的接种婴儿。在接种疫苗的婴儿和儿童中，多达8.9%的婴儿和儿童的粪便中也发现了该病毒，并可能持续脱落长达15天。由于轮状病毒通过口腔进入身体，并通过粪口接触传播，护理人员在护理接受轮状病毒疫苗的儿童时应特别注意洗手，以防止轮状病毒向他人传播。。

可以说，轮状病毒疫苗常常产生其旨在保护婴儿免受感染的效果。事实上，三个月以下的婴儿很少感染轮状病毒，这是因为被动的母体抗体，如果适用，还有通过母乳获得的抗体。如果按照计划接种疫苗，这些婴儿在自然免疫期间仍将暴露于活轮状病毒。此外，一旦疫苗的有效性减弱，孩子以后可能会经历轮状病毒感染。轮状病毒首次感染后，88%的儿童对严重症状产生免疫力，而免疫力仅在每次（通常无症状）感染后增强。。

制造商默克公司疫苗部门声明“RotaTeq尚未评估其致癌或致突变潜力或其损害生育能力的潜力”，可能引起其他关注默克公司还表示，“RotaTeq对轮状病毒胃肠炎的抗体反应之间的关系尚未建立。”换句话说，他们还没有证明疫苗和病毒免疫之间的关系。

轮状病毒的治疗方法是休息、喝水和平淡饮食，直到孩子停止呕吐。在严重的情况下，可能需要静脉注射以防止脱水。因为在发达国家，这种病毒很少致命，通过适当的洗手是可以预防的，父母和看护者在同意前可能会暂停考虑轮状病毒疫苗的风险与益处。与任何疫苗一样，通过选择与任何其他疫苗分开使用，可以降低不良反应的风险。。