人体内的同型半胱氨酸水平会受到许多不同因素的影响，这些因素可能非常重要，因为已知同型半胱氨酸水平升高会增加血栓、心脏病发作和中风的风险。某些遗传性疾病会导致同型半胱氨酸分解问题，导致同型半胱氨酸水平升高。一些B族维生素摄入不足的人，其维生素水平也可能升高。包括甲状腺和肾脏疾病在内的几种疾病会影响一个人的氨基酸含量，某些类型的药物也是如此。对于女性来说，年龄往往是一个因素，主要是因为激素水平的变化会导致同型半胱氨酸水平的变化。。

导致介体分子（帮助分解同型半胱氨酸）功能失调或缺失的遗传性疾病患者的水平普遍升高。同型半胱氨酸尿是一种严重的疾病，通常在儿童时期被诊断为不存在介质分子，它会导致与血液中极高的同型半胱氨酸水平相关的无数问题。较温和的情况是高同型半胱氨酸血症，其中介导分子存在，但不在最佳水平上发挥作用。

B族维生素在一个人的同型半胱氨酸水平中也起着重要作用。叶酸、维生素B6和维生素B12都是同型半胱氨酸分解的关键因素，缺乏它们会导致同型半胱氨酸水平升高。那些在饮食中缺乏这些维生素的人可能需要服用补充剂或吃更多含有这些维生素的食物，以使同型半胱氨酸水平恢复正常。

一些医学问题可能导致同型半胱氨酸水平升高。甲状腺激素的分泌减少会导致这个问题，肾脏疾病也是如此。皮肤疾病银屑病也可能是罪魁祸首。

药物也会引起人体内同型半胱氨酸水平的波动。服用避孕药可能有助于降低雌激素水平，因为它们会增加雌激素水平，而雌激素水平似乎会影响同型半胱氨酸。服用癫痫药物的患者可能含有更多的同型半胱氨酸。另一种可能导致血药浓度升高的药物是甲氨蝶呤。

由于雌激素水平的变化，女性在一生中可能会经历同型半胱氨酸水平的变化。怀孕妇女经常发现她们的雌激素水平下降，因为她们比平时有更多的雌激素。经历过更年期的老年女性，当雌激素水平自然下降时，通常会看到她们的同型半胱氨酸升高。服用雌激素补充剂可能有助于降低血压。