怀孕期间食用鱼油有积极的一面，也有消极的一面。安全问题通常与鱼类中的汞或视黄醇水平有关。这些物质可以从实际的鱼类中转化为鱼油补充剂，孕妇服用时会影响胎儿健康。在某些情况下，鱼油补充剂几乎不含汞或视黄醇，但孕妇可能需要仔细阅读标签，或联系制造商，以了解特定产品的总汞含量。

鱼油富含ω-3脂肪酸。脂肪酸通常在食物中消耗，但研究人员发现许多人体内的ω-6脂肪酸水平高于ω-3脂肪酸。这两者之间需要平衡，以实现最佳效益。专家们倾向于支持在怀孕期间服用鱼油，以实现更平衡的饮食。

根据美国国立卫生研究院（NIH）的数据，西方饮食通常含有15比1的ω-6和ω-3脂肪酸。当这一比例降低到推荐水平时，降低死亡率等健康益处将增加70%。增加ω-3的摄入量，使其达到4:1的比例，足以降低死亡风险。对于孕妇来说，获取ω-3脂肪酸的好处可能需要从鱼肉中提取鱼油，而不是鱼肝。

从鱼肝中提取的油含有视黄醇，这是维生素a的一种形式。怀孕期间应避免补充维生素a。产前维生素通常含有8000 IUs，这是通常需要的水平。当肝基鱼油与产前维生素一起食用时，可能会增加维甲酸胚胎病的风险。

视网膜样胚胎病是一种可能导致胎儿耳朵、面部和心脏变形的综合征。甲状腺功能也可能因此受损。怀孕期间的维生素A毒性通常与β-胡萝卜素无关，只是与视黄醇有关，因此必须小心避免这种情况。

鱼油补充剂中的汞含量往往低于鲜鱼。其中一个原因可能是，鱼油可以在放入胶囊之前进行清洗，以降低这些水平。希望在怀孕期间食用鱼油的女性应仔细阅读成分标签。汞含量低的鱼类——如沙丁鱼、罗非鱼和凤尾鱼——通常会产生低含量的鱼油。

当食用新鲜鱼时，人体在怀孕期间更容易吸收鱼油。然而，美国妊娠协会（APA）建议孕妇每周食用不超过12盎司（约340克）的鱼。APA还建议，由于汞含量高，怀孕期间不应食用鱼类，如罗非鱼、旗鱼和鲨鱼。由于这个原因，其他要避免食用的鱼包括石斑鱼、马林鱼和橘子糙皮鱼。