微陣列(microarray)和rna測序(rna sequencing)的區別

轉錄組代表存在於細胞中的RNA的全部內容，包括mRNA、rRNA、tRNA、降解RNA和非降解RNA。轉錄組分析是理解細胞洞察力的一個重要過程。有幾種高級的轉錄組分析方法。微陣列和RNA測序是兩種用於分析轉錄組的技術。微陣列與RNA測序的關鍵區別在於，微陣列是基於預先設計的標記探針與靶cDNA序列的雜交潛力，而RNA測序是基於通過NGS等先進測序技術對cDNA鏈的直接測序。微陣列是利用序列的先驗知識進行的，而RNA測序是在沒有序列先驗知識的情況下進行的。

內容1。概述和主要區別2。什麼是微陣列3。什麼是RNA序列4。並行比較——微陣列與RNA序列5。摘要

什麼是微陣列(microarray)？

微陣列是一種穩健、可靠、高通量的轉錄組分析方法。這是目前最流行的轉錄分析方法。這是一種低成本的方法，它依賴於雜交探針。

該技術首先從樣品中提取mRNA，然後從總RNA中構建cDNA文庫。然後將其與熒光標記的預先設計的探針混合在固體表面（斑點矩陣）。互補序列與微陣列中的標記探針雜交。然後對微陣列進行清洗和篩選，並對圖像進行量化。對收集到的數據進行分析，得到相對的表達式輪廓。

微陣列探針的強度假定與樣本中轉錄物的數量成比例。然而，該技術的準確性取決於所設計的探針、序列的先驗知識以及雜交探針的親和力。因此微陣列技術有其侷限性。微陣列技術不能用於低丰度轉錄。它不能區分亞型和識別遺傳變異。由於這種方法依賴於探針的雜交，因此在微陣列技術中存在一些與雜交有關的問題，如雜交、非特**雜交等。

微陣列(microarray)和rna測序(rna sequencing)的區別

圖01：微陣列

什麼是rna測序(rna sequencing)？

RNA鳥槍測序（RNA-seq）是近年來發展起來的一種全轉錄組測序技術。這是一種快速、高通量的轉錄組分析方法。它直接量化基因的表達，並導致對轉錄組的深入研究。RNA序列不依賴於預先設計的探針或序列的先驗知識。因此，RNA-seq方法具有較高的靈敏度和檢測新基因和遺傳變異的能力。

RNA測序法是通過幾個步驟來完成的。細胞的總RNA必須分離並破碎。然後，利用逆轉錄酶製備cDNA文庫。每個cDNA鏈必須與適配器連接。然後連接的片段必須被擴增和純化。最後使用NGS方法，必須對cDNA進行測序。

圖02:RNA測序

微陣列(microarray)和rna測序(rna sequencing)的區別

微陣列與RNA測序
微陣列是一種穩健、可靠、高通量的方法。	RNA測序是一種準確、高通量的方法。
成本
這是一種低成本的方法。	這是一種昂貴的方法。
大量樣品分析
這有助於同時分析大量樣本。	這有助於分析大量樣本。
數據分析
數據分析很複雜。	這種方法生成的數據更多，因此過程更復雜。
序列的先驗知識
這種雜交方法需要先驗的雜交探針知識。	該方法不依賴於先驗序列知識。
結構變異與新基因
這種方法不能檢測結構變異和新基因。	這種方法可以檢測基因融合、選擇性剪接和新基因等結構變異。
敏感
這不能檢測到異構體表達的差異，所以它的靈敏度有限。	這有很高的靈敏度。
結果
這隻會導致相對錶達式級別。這並不能給出基因表達的絕對量化。	它給出了絕對和相對的表達水平。
數據再分析
這需要重新運行才能重新分析。	測序數據可以重新分析。
對特定人員和基礎設施的需求
微陣列不需要特定的基礎設施和人員。	RNA測序所需的特定基礎設施和人員。
技術問題
微陣列技術存在交叉雜交、非特**雜交、單個探針檢測率有限等技術問題。	RNA序列技術避免了交叉雜交、非特**雜交、單個探針檢測率有限等技術問題。
偏見
這是一種有偏見的方法，因為它依賴於雜交。	與微陣列相比，偏差較低。

總結 - 微陣列(microarray) vs. rna測序(rna sequencing)

微陣列和RNA測序方法是為轉錄組分析開發的高通量平臺。這兩種方法產生的結果與基因表達譜高度相關。然而，RNA測序在基因表達分析方面比微陣列有優勢。RNA測序是一種比微陣列更靈敏的檢測低丰度轉錄物的方法。RNA測序還可以區分異構體和識別基因變體。然而，由於RNA測序是一種新的昂貴的技術，具有數據存儲和複雜數據分析的困難，因此微陣列是大多數研究者的共同選擇。

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