关键区别：原子是构成所有物质的基本单位。不同元素的原子聚在一起形成分子。这是通过化学反应发生的。分子是存在的化学物质的最小量。从本质上讲，化合物是一种分子。一个分子可以由同一元素的两个或多个原子组成，也可以由不同元素的两个或多个原子组成。然而，化合物是由不同分子的原子组成的分子。

原子是构成所有物质的基本单位。原子很小，宽度在0.1到0.5纳米之间。它们太小了，连显微镜都看不见。原子有很多种。每个原子都有一个唯一的名称、质量和大小。不同类型的原子称为元素。任何元素的每个原子都由质子、中子和电子组成。

元素是一种纯化学物质，它有一种或一种原子，以原子序数来区分。原子序数是由原子核中的质子数导出的。共有118种元素被鉴定出来，分为金属元素、类金属元素和非金属元素。每个元素都有自己的属性集。地球上大多数元素都是可用的，而少数元素是通过核反应人工合成的。元素已经处于最原始的形式，不能进一步分解。所有的元素都可以在元素周期表中找到，按原子序数列出。

不同元素的原子聚在一起形成分子。这是通过化学反应发生的。例如：两个氢原子和一个氧原子结合形成一个水分子。

分子是存在的化学物质的最小量。例如，一个人所能拥有的最小量的水是一个水分子或H20。它是由不同的原子组成的；因此它可以被分离回不同的原子。

一个分子可以具有与它所组成的元素截然不同的性质。例如：水的行为与氧或氢非常不同，即使它由两个氢原子和一个氧原子组成。

此外，一个原子在自然界中不可能独立存在而不与某物结合。我们永远不会只找到一个氧原子或一个碳原子。它总是和一些东西结合在一起，比如O2（氧气）或CO2（二氧化碳）。当结合成一个分子时，这个分子可以在自然界中独立存在，这就是为什么我们总能找到一个氧分子、一个二氧化碳分子、一个水分子（H2O）等等。

在分子中，原子以特定的形状或形式粘在一起。这主要取决于原子能形成的键的数目。原子通过相互形成化学键而形成分子。氧原子总是和其他原子有两个键，碳原子总是和其他原子有四个键，氮原子总是和其他原子有三个键。因此，一种特殊类型的分子总是具有特殊的形状，如五边形、六边形、侧向、双侧形等。

分子总是倾向于聚在一起，它们的形成取决于它们的状态。例如在气态，分子倾向于只是四处飞行。在液态中，分子倾向于松散地组合在一起，以便它们仍然可以移动。而在固态中，分子紧密地堆积在一起，只能振动。

分子通常用分子式表示。例如：O2、H2O、CO2、C6H12O6（糖）。分子式是元素的名称，后跟该元素在分子中的原子数。

从本质上讲，化合物是一种分子。一个分子可以由同一元素的两个或多个原子组成，也可以由不同元素的两个或多个原子组成。然而，化合物是由不同元素的原子组成的分子。因此，可以说所有的化合物都是分子，但不是所有的分子都是化合物。

所以，氢（H2）、氧（O2）、氮（N2）、水（H2O）、二氧化碳（CO2）和甲烷（CH4）都是分子。然而，只有水（H2O）、二氧化碳（CO2）和甲烷（CH4）是化合物，其他的不是。