几个世纪以来，对生物进行命名和分类是自然研究的一个组成部分。亚里士多德（公元前384-322年）发明了第一种已知的生物分类方法，通过空气、陆地和水等运输方式对生物进行分类。其他一些博物学家也采用了其他分类系统。但被认为是现代分类学先驱的是瑞典植物学家卡洛斯（Carlous，卡尔）林奈（1707-1778）。

卡尔·林奈（Carl Linnaeus）在1735年首次出版的《自然系统》（Systema Naturae）一书中介绍了一种相当聪明的方法来对生物体进行分类和命名。这一系统，现在被称为林奈分类法，从那以后一直被不同程度地使用。

关于林奈分类学

林奈分类学根据共同的物理特征将生物体划分为王国、纲、目、科、属和种的层次结构。门的类别后来被添加到分类方案中，作为王国之下的一个等级。

层次结构顶部的组（王国、门、类）定义更广，包含的生物体数量比层次结构中较低的特定组（科、属、种）更多。

通过将每一组生物划分为一个王国、门、纲、科、属和种，就可以对它们进行独特的描述。他们在一个群体中的成员身份告诉我们他们与该群体其他成员共享的特征，或者与他们不属于的群体中的生物体相比，使他们具有独特性的特征。

今天，许多科学家仍在某种程度上使用林奈分类系统，但它不再是对生物进行分组和表征的唯一方法。科学家们现在有许多不同的方法来识别生物体并描述它们之间的关系。

为了更好地理解分类科学，首先检查几个基本术语将有所帮助：

• 分类-基于共同的结构相似性、功能相似性或进化历史对生物体进行系统的分组和命名
• 分类学-生物分类的科学（描述、命名和分类生物）
• 系统学——研究生物多样性和生物间关系的学科

分类系统的类型

通过对分类、分类学和系统学的理解，我们现在可以检查可用的不同类型的分类系统。例如，您可以根据生物的结构对其进行分类，将看起来相似的生物放在同一组中。或者，您可以根据生物的进化历史对其进行分类，将具有共同祖先的生物放在同一组中。这两种方法被称为现象学和分支学，其定义如下：

• 现象学-一种基于生物物理特征或其他可观察特征的整体相似性对生物进行分类的方法（不考虑系统发育）
• 分支系统学-一种分析方法（遗传分析、生化分析、形态分析），它仅根据生物的进化历史来确定生物之间的关系

一般来说，林奈分类学使用物候学对生物体进行分类。这意味着它依赖于物理特征或其他可观察的特征来对生物体进行分类，并考虑这些生物体的进化历史。但请记住，相似的物理特征往往是共同进化历史的产物，因此林奈分类法（或现象学）有时反映了一组生物的进化背景。

分支系统学（也称为系统发育学或系统发育系统学）研究生物体的进化史，以形成其分类的基本框架。因此，分支系统学不同于现象学，因为它是基于系统发育（一个群体或谱系的进化历史），而不是基于对物理相似性的观察。

分支图

在描述一组生物的进化史时，科学家们绘制了一种树状图，称为分支图。这些图表由一系列的树枝和树叶组成，代表了生物群体随时间的演化。当一个组拆分为两个组时，分支图显示一个节点，然后分支向不同方向进行。生物体以叶子的形式存在（在树枝的末端）。

生物分类

生物分类处于不断变化的状态。随着我们对有机体知识的扩展，我们对各种有机体之间的相似性和差异有了更好的理解。反过来，这些相似性和差异决定了我们如何将动物划分为不同的类群（分类群）。

分类单元——分类学单位，一组被命名为

形成高阶分类法的因素

16世纪中期，显微镜的发明揭示了一个微小的世界，这个世界充满了无数的新生物，这些生物以前因为太小而无法用肉眼看到而无法分类。

在过去的一个世纪里，进化和遗传学（以及细胞生物学、分子生物学、分子遗传学和生物化学等一系列相关领域）的快速发展不断地重塑我们对生物体相互关系的理解，并为以前的分类提供了新的线索。科学不断地重组生命之树的枝叶。

通过研究最高级别的分类单元（领域、王国、门）在整个历史中的变化，可以最好地理解在分类学历史中发生的分类的巨大变化。

分类学的历史可以追溯到公元前4世纪，亚里士多德时代及之前。自从第一个分类系统出现以来，科学家们就一直在努力使分类与科学证据保持同步，从而将生命世界划分为具有各种关系的不同群体。

以下各节概述了在分类学历史上，在最高级别的生物分类中发生的变化。

两个王国（亚里士多德，公元前4世纪）

基于观察的分类系统（phenetics）

亚里士多德是最早记录生命形式划分为动物和植物的人之一。亚里士多德根据观察结果对动物进行分类，例如，他根据动物是否有红血来定义高级动物群（这大致反映了当今使用的脊椎动物和无脊椎动物之间的划分）。

• 车前植物
• 动物学-动物

《三国演义》（恩斯特·海克尔，1894年）

基于观察的分类系统（phenetics）

1894年，恩斯特·海克尔（Ernst Haeckel）引入了三国制，反映了长期存在的两个王国（植物王国和动物王国），这两个王国可以归于亚里士多德（可能在之前），并增加了第三王国，即包括单细胞真核生物和细菌（原核生物）的原生生物。

• 植物-植物（主要是自养、多细胞真核生物，通过孢子繁殖）
• 动物-动物（异养、多细胞真核生物）
• 原生动物-单细胞真核生物和细菌（原核生物）

《四个王国》（赫伯特·科普兰，1956年）

基于观察的分类系统（phenetics）

这一分类方案带来的重要变化是引入了细菌界。这反映了人们越来越认识到细菌（单细胞原核生物）与单细胞真核生物大不相同。以前，单细胞真核生物和细菌（单细胞原核生物）被归为原生生物界。但科普兰将海克尔的两个原生生物门提升到了王国的水平。

• 植物-植物（主要是自养、多细胞真核生物，通过孢子繁殖）
• 动物-动物（异养、多细胞真核生物）
• 原生动物-单细胞真核生物（缺乏组织或广泛的细胞分化）
• 细菌-细菌（单细胞原核生物）

《五国》（罗伯特·惠塔克，1959年）

基于观察的分类系统（phenetics）

罗伯特·惠塔克（Robert Whittaker）1959年的分类方案将第五王国添加到科普兰的四个王国——真菌王国（单细胞和多细胞渗透性真核生物）

• 植物-植物（主要是自养、多细胞真核生物，通过孢子繁殖）
• 动物-动物（异养、多细胞真核生物）
• 原生动物-单细胞真核生物（缺乏组织或广泛的细胞分化）
• Monera-细菌（单细胞原核生物）
• 真菌（单细胞和多细胞渗透性真核生物）

《六国》（卡尔·沃斯，1977）

基于进化和分子遗传学的分类系统（分支系统学/系统发育学）

1977年，卡尔·沃斯扩展了罗伯特·惠塔克的五个王国，用真细菌和古细菌两个王国取代了细菌王国。古细菌在基因转录和翻译过程中不同于真细菌（在古细菌中，转录和翻译与真核生物更为相似）。分子遗传分析显示了这些特征。

• 植物-植物（主要是自养、多细胞真核生物，通过孢子繁殖）
• 动物-动物（异养、多细胞真核生物）
• 真细菌-细菌（单细胞原核生物）
• 古细菌-原核生物（在基因转录和翻译方面不同于细菌，更类似于真核生物）
• 原生动物-单细胞真核生物（缺乏组织或广泛的细胞分化）
• 真菌.单细胞和多细胞渗透性真核生物

三个领域（carl woese，1990年）

基于进化和分子遗传学的分类系统（分支系统学/系统发育学）

1990年，Carl Woese提出了一个分类方案，该方案大大革新了以前的分类方案。他提出的三结构域系统是基于分子生物学研究，并导致将生物体分为三个结构域。

• 细菌
• 古菌
• 真核生物