虽然氯雷他定和西替利嗪都是抗组胺药，但它们都是一种不同的化合物，以不同的方式治疗过敏症状。这两种药物用于相同类型的过敏，它们都对打喷嚏、鼻痒和流泪有效，对荨麻疹和全身过敏反应等症状无效。尽管这些药物的作用相似，但它们的化学成分不同，因此，它们对服用它们的患者有不同的作用。。

在分子上，这些物质的结构是不同的。氯雷他定由22个碳原子、23个氢原子、两个氮原子、两个氧原子和一个氯原子组成。这些原子排列成一个具有许多不同分支的分子。西替利嗪由21个碳原子、25个氢原子、三个氧原子、两个氮原子和一个氯原子组成，它们排列成一条长链，并与两个盐酸分子相连。尽管构建模块相似，但这些分子的排列方式允许它们以不同的方式对抗过敏症状
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氯雷他定和西替利嗪之间的主要区别之一是患者服用时可能出现的副作用类型。虽然使用这两种药物都会出现口干和胃肠道不适，但氯雷他定也会引起头痛、口腔疼痛、神经紧张和烦躁不安。另一方面，西替利嗪可引起嗜睡，某些患者可能会出现严重嗜睡。服用西替利嗪的患者也可能出现呼吸困难，这种副作用在服用氯雷他定的患者中并不常见，除非患者出现过敏反应
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氯雷他定和西替利嗪的另一个区别是每种药物的给药方式。成人通常每天服用一次10毫克的这两种药物，而两岁以上的儿童通常服用一半的剂量。目前还没有确定2岁以下儿童服用氯雷他定的剂量，而6个月至2岁的儿童可以安全服用2.5毫克西替利嗪。

高剂量氯雷他定和西替利嗪的长期效应也不同。在实验室测试中，西替利嗪不会增加癌症风险或降低生育能力，即使其剂量远远高于推荐的最大剂量。然而，极高剂量的氯雷他定确实会增加患癌症的风险，并降低男性生育能力。