對冠狀病毒的基因分析為科學家提供了其傳播的線索
隨著冠狀病毒在全球的傳播，它以微小而微妙的方式發生了變異。這些突變沒有引起關注，到目前為止，似乎並沒有使病毒變得更危險或更少。但是科學家們可以利用這些微小的變化來追蹤病毒在人與人之間、地點與地點之間的傳播。
銀杏生物工廠的合成生物學家帕特里克·博伊爾說：“如果我們在一個州發現了一個新的爆發群，而這個群是否與以前的群有關的問題就存在了，這些微小的突變可以幫助你弄清楚它們之間是否有聯絡。”。
冠狀病毒由大約29000個被稱為核苷酸的遺傳物質組成。與其他生物技術公司和實驗室一樣，銀杏公司擁有提取病毒樣本並讀出這些核苷酸完整序列的技術。在大多數情況下，每個樣本的順序都是相同的。但是病毒在人體內複製自己，有時，它會犯錯— 把一個或兩個核苷酸換成另一個。當這個人感染其他人時，帶有這些變化的病毒版本就可以傳播。
銀杏正在重新利用它的系統，通常不測序病毒，分析儘可能多的冠狀病毒樣本。我們的目標是幫助繪製地圖，顯示病毒是如何從一個人跳到下一個人的。他們希望能夠擴大規模，每天能夠公佈10000個病毒樣本的完整基因序列。
儘管美國的COVID-19病例數量猛增，但在美國收集的病毒樣本中，只有有限數量的病毒樣本被完整測序。科學家們從華盛頓州獲得的序列比其他地方多。因此，他們對華盛頓爆發疫情的軌跡比他們對其他州爆發疫情的瞭解要多。
其中一些基因資料是弗雷德·哈欽森癌症研究中心的病毒學家特雷弗·貝德福德（Trevor Bedford）如何將2月27日在華盛頓確診的COVID-19病例與1月底在該州確診的病例聯絡起來的— 表明病毒一直在本地傳播，而且沒有被發現。報告還顯示，1月份的病例引發了一系列疾病，並在整個社群傳播。
其他州也開始做同樣的偵查工作，利用基因序列來幫助澄清疫情。對在康涅狄格州採集的9個病毒樣本的分析顯示，其中一些與在華盛頓州發現的病毒有關，這表明冠狀病毒正在國內傳播，而不是從其他國家反覆帶入。這項分析尚未經過同行評議或發表。其他的初步研究檢查了來自北加州的病毒樣本，發現冠狀病毒是在多個地點傳入該地區的。
博伊爾說，擴大可用病毒序列數量的一個挑戰是獲取患者樣本進行分析。在美國和其他國家進行病毒檢測的實驗室每天都會收到成百上千的病人樣本。但是，這些實驗室的重點是檢查樣本，看看是否有冠狀病毒-病人有冠狀病毒-19-或如果沒有。重點測試和診斷病人是至關重要的跟蹤大流行，博伊爾說。
“問題是，它只會給你一個肯定或否定的答案，”他說。測試並沒有提供任何關於每個病人體內特定病毒的額外資訊。銀杏計劃與檢測實驗室合作，以便在檢測完成後，他們能更仔細地觀察病人樣本中的病毒。世界各地的其他實驗室和團體也在著手類似的專案：例如，英國的一個研究財團就有超過2000萬美元的資金用於樣本排序。博伊爾說，銀杏正在與其他一些對這項工作感興趣的實驗室合作。
博伊爾說，他們還確保能夠獲得進行基因分析所需的化學物質和其他物質。“我們希望確保我們的供應流不會與保持測試執行的供應流競爭。”
擴大可獲得的冠狀病毒序列數量將使科學家們瞭解美國和世界各地的疫情。除了測試之外，這也是科學家追蹤病毒運動並幫助控制病毒的一種方法。
- 發表於 2021-04-20 00:07
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