被俘虏的联邦士兵在南部邦联的安德森维尔监狱所忍受的条件是可怕的。在监狱运营的18个月内，近13000名联邦士兵死于营养不良、疾病以及安德逊维尔指挥官亨利·维尔兹的不人道待遇。因此，毫不奇怪，南方投降后对他的战争罪起诉是内战中最著名的审判。但人们并不知道还有近千起对南方联盟的军事起诉。其中许多是由于虐待被俘的联邦士兵。

亨利·沃兹

亨利·维尔兹于1864年3月27日接管了安德森维尔监狱，这是在第一批囚犯到达那里大约一个月后。Wirz的首批行动之一是创建一个称为死线围栏的区域，旨在通过使囚犯远离栅栏墙来提高安全性。任何越过“死线”的囚犯都会被狱警枪杀。在维尔兹担任指挥官期间，他使用威胁手段让囚犯排队。当威胁似乎不起作用时，维兹命令哨兵向囚犯开枪。1865年5月，维兹在安德森维尔被捕，并被送往华盛顿特区等待审判。Wirz因不正当地拒绝让被俘士兵获得食物、医疗用品和衣物而阴谋伤害和/或杀害被俘士兵而受到审判。他还因亲自处决一些囚犯而被控谋杀。

大约150名证人在1865年8月23日至10月18日的军事审判中作证指控维尔兹。在被判犯有所有指控之后，维兹于1865年11月10日被判处死刑并被绞死。

詹姆斯·邓肯

詹姆斯·邓肯是安德森维尔监狱的另一名警官，他也被逮捕。邓肯被分配到军需官办公室，因故意扣留囚犯的食物而被判过失杀人罪。他被判处15年的苦役，但在服刑仅一年后逃脱。

冠军弗格森

内战开始时，冠军弗格森是田纳西州东部的一名农民。该地区的人口在支持联邦和邦联之间的分配相当平均。弗格森组织了一个游击队连，袭击并杀害了工会的同情者。弗格森还为约翰·亨特·摩根上校的肯塔基骑兵队担任侦察员，摩根将弗格森提升为游击队队长。南部联盟国会通过了一项称为《游击队法》的法案，允许招募非正规军入伍。值得注意的是，由于游击队员缺乏纪律，罗伯特·E·李将军于1864年2月呼吁南方议会废除该法案。经过军事法庭的审判，弗格森被判杀害50多名被俘的联邦士兵。他于1865年10月被处以绞刑。

罗伯特肯尼迪

罗伯特·肯尼迪（Robert Kennedy）是一名南部邦联军官，曾被联邦军队俘虏，并被囚禁在约翰逊岛军事监狱。该监狱位于桑达斯基湾，该湾位于伊利湖沿岸，距离俄亥俄州桑达斯基仅几英里。1864年10月，肯尼迪从约翰逊岛逃出，进入加拿大——加拿大对双方保持中立。肯尼迪会见了几名南方军官，他们利用加拿大作为发射台，对联邦发动战争。他参与了在纽约市多家酒店、一家博物馆和一家剧院纵火的阴谋，意图压倒地方当局。所有的火灾要么迅速扑灭，要么没有造成任何损失。肯尼迪是唯一被捕的人。在军事法庭的审判后，肯尼迪于1865年3月被处以绞刑。